p53直接调控microRNA及其靶基因高通量筛选.pdfVIP

PI1]I3 c嚣hemistry展an一 、)ln)nv．pibb．ac．cn p53直接调控microRNA及其靶基因的高通量筛选术 郭志云 ， 茆灿泉 ’ 熊莉丽 ’辛洪波”” ()四川大学华西医院生物治疗 国家重点实验室心血管病研究室，成都 610041； 西南交通大学生命科学与工程学院，成都 610031) 摘要 通过对 676条人microRNA进行筛选，共得到了53条新的具有p53．DNA结合位点且调控 p53上游转录因子和下游靶 基因的microRNA．结合已有蛋白质互作关系与microRNA调控信息，构建了p53．microRNA相互作用网络图，其中FAS受 多条microRNA调控，FAS是介导细胞凋亡的关键因子，因此，FAS．microRNA的相互作用可能在细胞凋亡途径中起着关键 的作用．随后，提出了microRNA参与p53调控的假设机制，认为p53调控靶基因与microRNA的同时也受上游转录因子与 microRNA 的调控，从而形成了以p53为中心的一种平衡，当这种调控平衡一旦被打破则会引起信号通路的紊乱，从而可能 引发相应的疾病．对这 53条microRNA进行靶基因预测，共得到 l5500个靶基因，对这些基因的出现频率进行聚类分析共 得到27个簇，将出现频率大于 l0的基因进行功能注释分析，发现多数基因功能属于近来发现的p53靶基因新的功能分 类——细胞粘连和细胞运动， 目前研究认为，p53通过与这些具有细胞粘连和运动功能的靶基因结合来抑制肿瘤的迁移．通 过对 15500个基因进行功能注释分析，得到了30条感兴趣的参与细胞周期调控、细胞凋亡和细胞增殖的microRNA，其中 有 9条microRNA于 3种生物学进程均有参与，这 9条microRNA分别是：hsa．mir．181a．1、hsa—mi~181b．1、hsa．mir-181c、 hsa．mir．18ld、hsa—mi~195、hsamir．497、hsa．mir一495、hsa—mir一543和hsa—mir-548c．这暗示着这 9条microRNA在 p53信号 通路的调节中可能起着关键的作用，它们互相作用共同调节着多个p53信号环路．最后在 36个物种的基因组中对这 3O条 microRNA进行了同源性搜索与保守性分析，结果发现有 10条高度保守的且为 目前数据库所未收录的microRNA．这 10条 microRNA 分 别 是 ：hsamir．497、hsa．mir一495、hsamir一543、hsamir．19a、hsa．mir-19b一1、hsa．mir．200b、hsa．mir-448、 hsa．mir．28、hsa—mir一455和 hsa—mir．590． 关键词 microRNA，p53，p53一DNA结合位点 microRNA靶基 因预测 学科分类号 Q52 DoI：10．3724／SP．J．1206．2009．00099 p53作为一种与DNA特异性结合的转录因子 要的抑癌基因在肿瘤 的发生中起着至关重要的作 已被人们广泛研究，它在 DNA损伤、NO或癌基 用，近来研究证实约 50％以上的肿瘤发生与p53 因等应激信号刺激下活化，从而激活下游靶基因， 的突变有关_4J．那么，microRNA是否也会参与到 引起DNA修复、细胞凋亡和细胞周期停滞等一系 p53的信号通路中来呢?这一 问题成为近来争论的 列生物学效应[1]． 焦点．Voorhoeve等 【】通过遗传筛选人microRNA， MicroRNA是一类长度约为 22nt的单链非编码 首次发现，has．mir．372和 has．mir-373可能参与到 小分子 RNA，在生物进化过程 中高度保守，通过 p53信号通路 中，并且作为新的癌基因参与睾丸 与靶基因序列的 3，非翻译区特异性结合，诱导 生殖细 胞肿瘤 的发 生 ．随后 Xj等 6[1通过 分析 靶 mRNA 降解或阻遏其翻译f2]． 目前研究表 明， HCT一116(wt-p53)和HCT一116(null-p53)细胞系表达 microRNA参与多个生物学进程 ，包括干细胞维 谱发现，3