一种新多肽表征方法及支持向量机用于肽HPLC定量结构-保留建模预测.pdfVIP

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2017-09-02 发布于重庆
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一种新多肽表征方法及支持向量机用于肽HPLC定量结构-保留建模预测.pdf

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理化学学报(Wuli Huaxue Xuebao) 1052 A cta Phys. Chim. Sin., 2006, 22(9) ：1052 1055 September [Article] 一种新多肽表征方法及支持向量机用于肽HPLC 定量结构保留建模预测桂兆1, 2 李志良1, 2 周原1, 2 何留1 周鹏1 1 2 ( 重庆大学化学化工学院; 重庆大学生力学与组织工程教育部重点实验室, 重庆 400030) —— 摘要从20 种天然氨基酸的1369 种性质参数经主成分分析得出一种新多肽序列表征方法—SZOTT. 将其用于71 个不同长度肽序列表征, 以偏最小二乘(PLS)和支持向量机(SVM)建立定量结构鄄留模型(QSRM). 研究表明, SZOTT 能够较好表征71 个肽序列特征, 其含信息量大且易操作, 与PLS 相比, SVM 对lgk 建模预测表现出较强的拟合能力和良好外部预测能力, SZOTT 表征方法和SVM 建模可进一步用于肽HPLC 留行为研究. 关键词：肽, SVM, QSRM, SZOTT 中图分类号： O641 A New Peptide Sequences Representation Technique and Support Vector Machine for Quantitative Structure Retention Modeling of Peptides in HPLC LIANG, Gui鄄Zhao1, 2 LI, Zhi鄄Liang1, 2 ZHOU, Yuan1, 2 He, Liu1 ZHOU, Peng1 1 ( College of Chemistry and Chemical Engineering, Chongqing University, Chongqing 400030, P. R. China; 2Key Laboratory of Biomechanics and Tissue Engineering, MOE, Chongqing University, Chongqing 400030, P, R. China) Abstract A new representation technique for peptide sequences, namely SZOTT (scores vector of zero dimension, one dimension, two dimension, and three dimension), was derived from 1369 parameters of 20 coded amino acids using principle components analysis (PCA). It was then employed to express 71 peptide sequences with different lengths. Quanti