文献_Bioinformatics-2007-Venkatraman-657-63.pdfVIP

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2017-09-01 发布于广东
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文献_Bioinformatics-2007-Venkatraman-657-63.pdf

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Vol. 23 no. 6 2007, pages 657–663 BIOINFORMATICS ORIGINAL PAPER doi:10.1093/bioinformatics/btl646 Genome analysis A faster circular binary segmentation algorithm for the analysis of array CGH data E. S. Venkatraman and Adam B. Olshen Department of Epidemiology and Biostatistics, Memorial Sloan-Kettering Cancer Center, 1275 York Avenue, New York, NY 10021, USA Received on June 6, 2006; revised on December 12, 2006; accepted on December 18, 2006 Advance Access publication January 18, 2007 Associate Editor: Chris Stoeckert ABSTRACT cancer cell lines. Comparative genomic hybridization (CGH) Motivation: Array CGH technologies enable the simultaneous (Kallioniemi et al., 1992; du Manoir et al., 1993) was the first D o measurement of DNA copy number for thousands of sites on a method developed to measure the DNA copy number variation w n l of entire genomes at a 10–20M resolution. Higher throughput o genome. We developed the circular binary segmentation (CBS)