基于模板蛋白质结构预测.pdfVIP

物物理学报 2011 年1 月 第27 卷 第1 期: 28-37 综述 / Mini Review ACTA BIOPHYSICA SINICA Vol.27 No.1 Jan. 2011: 28-37 基于模板的蛋白质结构预测 黄俊峰, 段 鹏, 吴文言 山大学生命科学学院有害生物防治与资源利用国家重点实验室，广州 510275 收稿日期：2010-06-07；接受日期：2010-08-10 基金项目：国家自然科学基金、广州市科技计划 2009JI-C541冤 资助项目 通讯作者：吴文言，电话：(020E-mail ：lsswwy@ 摘要：基于模板的蛋白结构预测和不依赖模板的蛋白结构预测是计算预测蛋白质三维结构的两 种方法 前者由于具有快速和较高准确性的优点 而得到了广泛的应用遥 基于模板的结构预测 是通过寻找与目标蛋白序列相似并且有实验测定的结构作为模板 进而构建目标序列的结构模 型的方法遥 文章详细综述了 于模板的结构预测方法的步骤尧 关键环节 并对影响结构预测精 确性的因素进行了分析和讨论遥 关键词： 于模板的蛋白结构预测曰 序列比对曰 结构精修曰 结构模型筛选 中图分类号：Q617 引 言 [1] [2] 随着人类基因组计划 的成功和新一代测序技术 的发展，基因序列能够比以往更轻易 地获得。而在后基因组时代，基因的功能和调控成为主要的关注点，其中一个不可忽略的 问题是，作为基因产物的蛋白，是怎样通过其空间结构发挥组装、催化等作用的。尽管随 [3] 着现有的蛋白结晶和结构测定方法的改进 ，更多的蛋白结构被测定，然而，截至2010 年 2 月，已测序的非冗余蛋白序列超过 10 500 000 条 NR 库，NCBI ：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih. gov/blast/db/ 冤，相比而言，PDB 蛋白结构数据库 / 冤 的结构数据只有 63 000 多个，相差巨大。为了更充分地理解蛋白是如何执行其功能以及根据蛋白结构设计 出更合理的药物，能否获得蛋白的结构甚至预测其结构就显得尤为重要。 随着计算机硬件的快速发展，科学家们期望能利用计算的方法预测蛋白结构。蛋白结 [4] 构的预测主要基于以下三个前提：1冤 蛋白的空间结构能够由氨基酸序列唯一确定 ；2 冤 蛋 [5,6] 白的空间结构是稳定的；3冤 蛋白的天然构象处于自由能最低点 。因此，理论上，可以利