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27 5 大 连 海 洋 大 学 学 报 Vol． 27 No． 5
第 卷第 期
2 0 1 2 1 0 JOURNAL OF DALIAN OCEAN UNIVERSITY Oct ． 2 0 1 2
年 月
文章编号:2095 － 1388 (20 12)05 －044 1－07
基于分子动力学的miRNA 3 端与Argonaute
蛋白PAZ 功能域相互作用的研究
， ， ，
马志 张峰 张慧晓 杨威
( ， 116023)
大连海洋大学农业部北方海水增养殖重点实验室 辽宁大连
摘要: miRNA 3 3 PAZ ，
应用分子动力学方法研究了人类 末端 碱基与 功能域的结合模式 并采用线性相互
miRNA 3 PAZ 。 :miRNA 3
作用能方法计算 末端片段与 之间的结合自由能 结果表明 末端碱基组成决定了
PAZ ，UGU PAZ ， － 37. 248
其和 功能域的结合模式以及结合自由能 与 的结合最为稳定 结合自由能为
kJ / mol ， CGA PAZ ， －5. 4 18 kJ / mol ;miRNA 3 PAZ
而 与 的结合情况相对不太稳定 结合自由能为 端与 的结
miRNA ，UGU 6. 768% ， CGA
合自由能与其在人类 基因中的分布频率存在一定的相关性 在人类基因中占 而
仅占0. 4 14 % 。本研究结果可为进一步研究miRNA 与Argonaute 蛋白的相互作用以及对人类疾病防治和生物
进化探索提供重要信息。
关键词:miRNA ;PAZ ; ;
功能域 分子动力学模拟 线性自由能
中图分类号:O643 文献标志码:A
MicroRNAs (miRNAs) 21 ～ 23 N ， :
是由 个核苷酸 一侧是两个 端螺旋 另一侧是一个保守的组件
(nt) RNA 。 ［9］。
组成的一类 分子 近年来越来越多的 由一个β 发夹和一个α 螺旋组成 β 桶与αβ 组
［1－2］
miRNA 被发现 ，miRNA 通过在转录后水平上 件之间能形成一个口袋状的结构，可以插
miRNA siRNA 3 ，
调控基因表达来参与生
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