计算机模拟和X-射线实验研究蛋白质机械力学.pdfVIP

第21卷 第1期 生命科学 Vol. 21, No. 1 2009年2月 Chinese Bulletin of Life Sciences Feb., 2009 文章编号 ：1004-0374(2009)01-0021-07 计算机模拟和X-射线实验研究蛋白质机械力学 肖森波，陈　健，Frauke Graeter* （中国科学院上海生命科学研究院马普学会- 中国科学院计算生物学伙伴研究所，上海 200031） 摘　要：近年来，研究发现在动力学反应及其模拟中，机械力主要表现为一个生理刺激元素。机械力 如血管中的剪切流或肌肉组织中的伸缩力，能够紧密地控制着基因表达或组织修复等生物过程，在生物 体中起着非常重要的作用。而对于这样的力控制生物过程的原因仍然未知。本文通过应用结构生物学、 生物物理实验以及计算机模拟来展示如何研究蛋白质动力学。它主要综述了三个特定的主题：丝蛋白纤 维动力学模拟、血管中蛋白质的剪切诱导过程以及在力的作用下酶的反应。 关键词：机械力；分子模拟；蛋白质纤维；丝；剪切力；机械－生物化学 中图分类号：Q51; Q503　　文献标识码：A Protein mechanics from simulations and X-Ray experiments XIAO Sen-bo, CHEN Jian, Frauke Graeter* (CAS-MPG Partner Institute for Computational Biology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200031, China) Abstract: Mechanical force recently manifests itself as a major physiological stimulus. How forces like shear flow in blood vessels or stretching forces in muscle tissue tightly control biological processes such as gene expres- sion or tissue repair remains largely unknown. This review addresses how to study protein mechanics using state-of-the-art structural biology and biophysical experiments and complementary computer simulations. The review focuses on three specific topics, silk fiber mechanics, proteins in shear-induced processes in blood and enzymatic reactions under force. Key words: mechanical force; molecular simulation; protein fibers; silk; shear flow; mechano-biochemistry 蛋白质是生命的物质基础，是生物运动的源 力使蛋白展开和用外力拉蛋白已成为应用于单纤维 泉，它控制着细胞内外基本的生物过程。这些生物 和肌肉研究的热点领域。相应地，原子力谱技术、 过程密切地相互作用，产生了复杂的酶反应网络和 单分子实验研究和分子动力学模拟已经用来研究校 信号通道。力信号已是检测生物化学进程的关键因 准生物内蛋白上分布的力。受到力作用的蛋白，表