分子动力学模拟计算在通用图形处理芯片上实现.pdfVIP

V01．29 高等学校化学学报 No．12 2008年12月 CHEMICALJOURNALOFCHINESEUNIVERSmES 2425～2429 分子动力学模拟计算在通用图形 处理芯片上的实现 宋国梁，翁经纬，李振华，王文宁，范康年 (复旦大学化学系，上海200433) cluster 摘要将在计算生物分子中广泛应用的cHARMM力场应用于Windowscomputersenrer(wccs)环境 下，并实现了该力场及分子动力学模拟程序的通用显卡(GPu)并行计算．对一些多肽链的动力学模拟结果 Ge． 显示，与cPu计算相比，GPu计算在计算速度卜有巨大的提升．与64位Athlon2．OG相比，在NVIDlA Force8800 cT显卡上的动力学模拟速度提高了至少10倍，而且这个效率比会随着模拟体系及每块尺寸的增 大而增大．模拟体系的增大使得GPu并行单元的计算空载相对减少，块尺寸的增大使缓存区尺寸相埘减少， 单块计算效率得以提高．在测试样本中，该效率比最高可达到28倍以上．利用GPu计算还对一条含有397 个原子的多肽链进行了分子动力学模拟，给出了氢键分布随时间的变化结果． cIusterserver 关键词 分子动力学；图形处理芯片；cHARMM；Windowscomputer 中图分类号064l 文献标识码A 文章编号025lJD790(2008)12．2425聊 具有生物功能的分子通常含数千甚至上万个原子，而对于大多数的生物分子问的反应、蛋白质的 折叠、膜蛋白的打开和闭合等重要的动力学过程，其时间尺度通常为微秒，甚至毫秒级别．对这些动 力学过程进行模拟，有时还需要进行数千甚至．卜万条轨迹的模拟以获得具有统计意义的结果．要得到 定性可靠甚至定黾精确的结果，所使用的势能函数必须具有足够的精度，而势能函数越精确，其表达 形式通常会越复杂，计算的速度就会越慢．因此，目前对生物大分子的动力学模拟由于受到计算速度 的限制，模拟的时问尺度通常为纳秒级别．因此，提高动力学模拟和势能函数的计算速度，是进行可 靠的有实用价值的动力学模拟的关键．最近，不再局限于cPu计算的新技术，即基于图形处理芯片 (Graphics units，GPu)的通用(General processing 以上．由于受到cPu和内存之间的带宽限制，目前的多核计算机的计算性能并不理想．例如，我们在 算，其速度慢于只使用4核的，并行效率低于在单cPu计算机之间通过Merynet和InfiniteBand通讯的 的能耗也仅比主流双核cPu处理器略高，因此其性价比和能耗效率比都是非常优异的． 由于单块妊卡上的GPu的运算速度已经远远超过日前最快的CPu，同一台Pc计算机还可以配置 多块硅卡，因此，单台计算机的性能可以得到大幅度的提升．目前，计算机厂商如NVIDIA，AMD都在 unifieddevice (compute visual 收稿口期：2008一10旬7． 基金项日：国家自然科学基金(批准号20673024资助． 联系人简介：范康年，男，教授，博士生导师，从事量子化学理沦和催化研究．E一哪il：k幽n@f“dan．edⅡ．cII 万方数据万方数据 2426 高等学校化学学报 VoI．29 senrer