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第! 卷 第# 期 武汉大学学报（理学版） 9:;* ! 3:* # $
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文章编号：(@J (?==’@（%’ ）#?#=?#
基因组重排问题的一个近似算法
A
陶玉敏，莫忠息 ，刘$ 扬，任清华，李素贞
（武汉大学 数学与统计学院，湖北 武汉 !’J% ）
$ $ 摘$ 要：分子生物学中基因无方向的反向基因组重排问题在数学上已被证明是一个3N 困难问题* 基于断点
图的概念，给出一个时间复杂性为 ’
!（D.F ｛ （ ），#（ ）｝），空间复杂性为!（# ）的求其近似最优解的算法$ 其中#
! !
为基因组中基因个数， % （ ， ，…， ）表示# 个基因的一种排列，（ ）表示排列 中的断点数* 数据实验的结
! !( !% !# ! !
果表明，该近似算法可以求得较好的结果*
关$ 键$ 词：基因组重排；反向排序；断点图；近似算法
中图分类号： %!% ；O ’’%$ $ $ 文献标识码：P
!
RI/:DI SI.SS./RIDI/4 ）*
位的操作称为基因组重排（
! 引 言 设 T ｛’ ( ，’% ，…，’# ｝是由# 个基因’ ( ，’% ，…，
’# 组成的基因集合，为简单起见，用数字( 来标记
$ $ 在分子生物学中，通常将一个生物体的全套
基因’ （( T (，% ，…，# ），并记 T ｛’ ，’ ，…，’ ｝T
( ( % #
Q3P 序列称为该生物体的基因组（RI/:DI ）* 有时也
｛(，% ，…，# ｝T ) （# ）$
将基因组定义为一个生物体染色体的集合，将染色
定义# 设 T （ ， ，…， ）是) （# ）的一
! !( !% !#
体定义为基因的集合，而将基因定义为 Q3P 的片
个排列，称区间 T ［* ，+ ］（( * + # ）是对 的一
!
断* 研究两个不同生物之间的相似性、同源性及其进
个反向，是指运算! 产生如下结果：
化关系，最常用的方法是将两个生物的Q3P 序列进
% （ ， ，…， ， ， ，…，
行
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