脊椎动物中微小RNA进化模式研究.pdfVIP

中国科学 C 辑 :生命科学 2008 年 第 38 卷 第 4 期 : 348 ~ 355 SCIENCE IN CHINA PRESS 脊椎动物中微小RNA 进化模式研究 汪小我, 张学工, 李衍达* 生物信息学教育部重点实验室, 清华信息国家实验室生物信息学研究部, 清华大学自动化系, 北京 100084 * 联系人, E-mail: daulyd@ 收稿日期: 2007-10-17; 接受日期: 2007-12-29 国家自然科学基金(批准号:和和国家重点基础研究发展计划(批准号: 2004CB518605)资助项目 摘要 微小RNA(microRNA, miRNA)是一类长度约为22 个核苷酸的内源性非编码 关键词 RNA. 它们在植物、多细胞动物和病毒的基因组中广泛存在并起着重要的调控作用. miRNA 到目前为止, 人们对于这类重要调控因子的进化特性还知之甚少. 大多数的 miRNA 进化 被认为在进化上是高度保守的, 但近期随着大量相对不保守的miRNA 被相继发现并 miRNA:miRNA*互换 报道, 人们发现在进化过程中不断有新的miRNA 产生. 在本文中通过研究一个微小 系特异性复制 RNA , miRNA . miRNA 超家族 分析了 在脊椎动物中的进化特性 发现新产生的 在其 出现后的一段时期内会经历一个近似中性进化的过程, 在序列上快速演变, 随后逐 渐固定下来, 并在进化上趋于保守. 同时观察到miRNA 有系特异性(lineage- specific) 的大规模复制现象, 以及miRNA 在串连复制后, 同源的miRNA 前体可能会选择其发 , miRNA . 卡环不同臂上的序列作为成熟体 从而大大增加了 新功能产生的可能性 这 些观察表明, miRNA 这一类重要的调控因子在进化过程中是十分活跃的. miRNA 是一类长度约为 22 个核苷酸的小 RNA 起到关键作用[6,7]. 分子, 它们在多细胞生物中起着重要的调控作用[1]. 绝大部分 miRNA 都被认为是高度保守的[4,8]. 但 从第一个 miRNA 于 1993 年被发现[2], 至今已经有数 近期的研究表明, miRNA 家族并非一成不变, 随着物 以千计的miRNA 在多细胞动物、植物和病毒中相继 种的进化不断有新的 miRNA 产生[9,10], 而且大部分 被发现和报道[3]. 在动物细胞中, 编码 miRNA 的基 这些新产生的 miRNA 都能迅速在种群中固定下来并 因首先被 RNA 聚合酶Ⅱ或聚合酶Ⅲ转录形成初级转 受到很大的选择压力[10]. 到目前为止, 虽然已经有对 录产物(pri-miRNA), 并在细胞核内由 RNaze Ⅲ酶 于个别 miRNA 家族进化研究的报道[9~13], 但总体来 Drohsa 加工形成约 70 个碱基长度具有发卡环结构的 说, 人们对于 miRNA 的进化特性还知之甚少. 在本 前体(pre-miRNA). 然后 Pre-miRNA 被运输到细胞核 文中, 我们以一个 miRNA 超家族为线索, 研究了 外, 并由另一个 RNazeⅢ酶 Dicer 进一步剪切得到成 miRNA 的部分进化特性. 我们发现新产生的 miRNA 熟体[1,4]. 成熟的 miRNA 与其他蛋白结合形成沉默附 在其出现后的一段时期内会经历一个近似中性进化 (RISC),