STRBase用于人身份鉴定的短串联重复序列(STR)数据库.docVIP

STRBase: 用于人身份的短串重复数据库Christian M. Ruitberg, Dennis J. Reeder and John M. Butler 美国 20899-8311，国家标准与技术局，100 局，生物，2000 年月 31 日; 9月17, 接收 摘要 国家标准与技术局(NIST)编译且维护自从 1997 以后 STRBase的短串联重复序列特网数据/biotech/strbase/） 关于通常使用的的串行重复(STR)DNA 资源 DNA 鉴定提供帮助。 STRBase组织在这上的丰富DNA鉴定。连同 STR 分析技术的描述了 STR 位点上已知的等位基因和已注解序列. 描述了 STR试剂盒, 记录了PCR引物序列，而且法院实验室的研究.STRs在 DNA 上的超过 1300 介绍 串联重复脱氧核糖核酸顺序在人基因广泛，遗传疾病诊断和人身份 (STR) 长度一般为 2–6 bp，而且可以很容易的通过PCR的方法扩增.STRs已经在法庭的实验室受欢迎，因为低数量的DNA，即使，能被成功比以前使用技术 FBI 利用13 个 STR 记称为联合 DNA 索引系统的全国性的 DNA 数据库. CODIS 数据库和似的全球 DNA 数据库已经在来自犯和罪行现场的 DNA 功.STR每年也用来数十万计的亲关系定. DNA 鉴定有着对DNA 样品处理和数据分析的 STR 试剂盒只有经过一系列的测试结果是可靠的.为了要 STR 信息到国家的 CODIS 数据库 ,法院实验室 DNA 建议委员会发的一系列质量保证标准(3). STRBase 的内容 STRBase 的主要内容图 1。: 一般，法和补充. 为了帮助人熟悉 STRs 101’部分 的释STRs 和他们的用. 1. STRBase内容一览. 一般2)的形式被展示。 这些资料概览由四个部分组成: 一般信息， PCR 引物, PCR 产物大小和其他数据. 一般信息区段包括 STR 位点的其他名字，它在染色体上的位置，核心 STR 重复单位的序列, 它的 GenBank 序列号和叁考序列中重复单位的个数. 在图 2 中标有下划线的单词超链接到更多数据. STR资料概览的第二部分，DNA 引物,列出了已公布的引物序列或引物序列已知的试剂盒（当时还没有发售的商业试剂盒）(4)。每一系列引物都带有叁考书目或试剂盒的商业来源. 当参考资料被录入数据库时, 都被分配了一个号码（图 2‘Ref’栏）( 见补充信息).。PCR 产物部分给出了利用在 PCR 引物部分中列出的引物扩增出的产物的长度和序列。每个序列也在’Ref’栏中对应着参考书。数据库也提供了一些普遍使用的 STR 位点的到GenBank 注解信息的链接, 这些链接包括重复序列和两侧的已知引物序列。补充信息部分列出了等位基因梯子和多功能试剂盒的商业来源。 图 2. D8S1179 分子标记的 ‘STR 资料概览‘. 因为它们使用的方便和高的分辨力，商业化的多功能 STR 试剂盒已经被全世界的实验室广泛使用. STRBase 提供了商业化的多功能 STR 试剂盒信息的，而且还提供了联系厂商的超链接。也提供了已公布但还未发售的多功能 STR 试剂盒的有关资讯。图 3 列举了两个试剂盒的例子。 PowerPlex‘ 16 试剂盒同时扩增 15 个不同的 STR 位点，其中包括二个 pentanucleotide 重复位点 Penta D 和 Penta E,和一个性别确定标记 amelogenin.。一个以 CXR(Promega Corporation, Madison, WI ) 作标记的 DNA 梯子 (ILS-600) 被用作内在的大小标准。Profiler Plus‘ 试剂盒同时扩增 9个 STRs 和一个 amelogenin,而且使用 ROX(加州 福施特市,应用生物系统) 作为它的内部大小标准 (GS-500)。 图 3. 两个商业化的多功能 STR 试剂盒中的STR位点( A) 来自 Promega 公司的PowerPlex‘ 16试剂盒 (B) 应用生物系统的Profiler Plus‘ 试剂盒. 已知的等位基因的大小以矩形的长度表示. 矩形的垂直位置反映用来标记扩增产物的染料的颜色。两个STR 试剂盒均使用蓝色的，绿色的和黄色的三种荧光颜料。不同的内部大小标记以一种红色颜料标记. 每个STR位点均被超链接到各自的 ‘STR 资料概览‘。 随着更多的样品被研究，人们经常发现一些仅具微小变异的等位基因。由于STR鉴定的普及，这些等位基因的鉴定就变得非常重要。当一些新等位基因被发现的时候， STRBase 就会予以公布。我们聘用了一些科学家对这些新的和罕见的基因进行