原子-键电负性均衡方法及其浮动电荷力场模型——应用于金属蛋白研究.pdf

原子一键电负性均衡方法及其浮动电荷力场模型一一应用于金属蛋白的研究 原子一键电负性均衡方法及其浮动电荷力场模型 ——应用于金属蛋白的研究 中文摘要 蛋白质是生命体的重要组成部分，其中1／3的蛋白质中含有金属．这些金属离 子作为金属蛋白中最重要的辅因子，承担着活性中心或结构中心的作用．目前 分子力场已经成为研究金属蛋白重要的工具之一．因为分子模拟技术不仅有助于 了解蛋白质结构以及溶液构象与功能之间的关系，而且能分析蛋白肽链与金属离 子的相互作用对蛋白质功能的影响．但是用于蛋白质模拟的经典力场，都不同程 度上存在着理论模型的局限，即这些力场采用固定的原子中心固定点电荷来计算 静电相互作用势能，把分子中的原子根据一定的化学环境进行分类．为了克服传 统固定电荷力场的弊端，发展与采用极化力场来进行分子动力学模拟，已经成为 目前分子力场研究的一个重点．在极化力场中的电荷可随着化学环境的变化而 随之改变，能够正确的计算多体相互作用和静电长程相互作用能等．Yang等人建 立的原子一键电负性均衡方法(ABEEM)，清晰地考虑了分子中化学键和孤对电子 区域的电荷，正确直观地体现了分子体系中电荷的极化现象．基于原子一键电负 性均衡方法融合进分子力场，Yang等人又发展了ABEEM／MM浮动电荷力场模型． 该模型已经应用到纯水体系、离子体系、氨基酸和多肽分子以及小蛋白质体系中． 把原子一键电负性均衡方法及其浮动电荷力场模型，进一步应用到金属蛋白体系 中，不仅拓宽了原子．键电负性均衡方法的研究领域，而且为今后采用浮动电荷力 场研究更广泛的金属蛋白(金属酶)起到桥梁和纽带作用．基于以上研究目的， 本论文首先拟合了金属蛋白(金属酶)中常见金属以及配体原子的ABEEM参数， 计算了金属蛋白(金属酶)活性中心的电荷分布，并利用电荷分布和Fukui函数探 讨了超氧化物歧化酶等的活性；然后运用拟合的ABEEM参数、采用量子化学计 算和蛋白质晶体结构数据库中的结构，建立了血红素的ABEEM／MM浮动电荷力 场势能函数；最后应用ABEEM／MM浮动电荷力场模型模拟了细胞色素c、微过氧 化物酶和肌红蛋白等金属蛋白．本论文主要内容如下： 第一章，把原子一键电负性均衡方法应用到金属蛋白(6r属酶)中，拟合了 金属元素以及配体原子的ABEEM参数，扩大了原子．键电负性均衡方法的使用 范围．精心选择400多个金属生物模型分子，通过大量的密度泛函 原子一键电负性均衡方法及其浮动电荷力场模型一一应用于金属蛋白的研究 中心原子、化学键、孤对电子等区域的ABEEM电荷与密度泛函(B3L’忡／6．3lG‘) 方法计算的电荷比较，线性相关系数在O．98以上，较好的重复了从头算的计算结 果，验证了ABEEM参数的合理性．其中金属蛋白中铁卟啉的ABEEM参数的拟 合为血红素的ABEEM／MM浮动电荷力场势能参数提供了参考． 第二章，应用原子．键电负性均衡方法计算了超氧化物歧化酶的电荷分布和 Fukui函数，研究了它们的活性中心部位．原子．键电负性均衡方法，不仅能快速 计算金属生物分子的电荷分布，而且还可以通过该方法快速计算分子中原子、化 学键以及孤对电子等各个部分的Fukui函数．利用第一章拟合的ABEEM参数， 物歧化酶的电荷分布和Fukui函数．当超氧化物歧化酶活性中心与超氧阴离子自 e一0．3 由基作用时，金属离子电荷转移在0．1 e之间，而配体原子等的电荷转移却 很小；同时金属离子的Fukui函数大于配位原子的Fukui函数．超氧化物歧化酶 活性中心与抑制剂作用失活后，金属离子的Fukui函数小于抑制剂中配位原子的 和含铜锌超氧化物歧化酶的活性中心部位，该预测不仅与量子化学理论计算一 致，而且与实验现象相吻合．超氧化物歧化酶的活性部位的原子．键电负性均衡方 法研究，有助于深入理解超氧化物歧化酶的催化反应机理，同时也为超氧化物歧 化酶的分子设计提供新的思路和方法．采用同样的方法对血红素与小分子结合活 性的研究，解释了血红素与一氧化碳或一氧化氮结合后不能与氧水等分子结合的 原因：预测的血红素与抑制剂作用后，过氧化氢酶失活与实验结果一致．可见采 用原子一键电负性均衡方法可以预测更多的金属酶(金属蛋白)的反应活性． 第三章，把原子．键电负性均衡方法与分子力场相结合，建立了血红素的 ABEEM／MM力场势能函数，并模拟了细胞色素c552的晶体结构．