p53-金属离子识别及环糊精自组装理论与研究.pdf

摘要 摘 要 分子间的相互作用广泛存在于自然界中，蛋白质与配体或金属离子的结合、 超分子体系中主客体间的分子识别、分子印迹技术中模板分子与功能单体的作 用都属于这一领域的研究范畴。虽然该领域受到越来越多的关注，但是许多分 子间的作用机理还不清楚。而分子模拟方法可以从微观状态阐释实验机理，提 出理论模型并加以预测，并最终指导实验。本论文使用分子模拟方法对p53．金 属离子识别、环糊精分子识别和组装、吡嘧磺隆分子印迹聚合物识别进行了研 究。主要内容包括以下四个方面： functional (1)使用密度泛函理论(densitytheory，DFT)计算和分子动力学 (molecular 氨酸j半胱氨酸和水分子的配位构型进行了研究，还考虑了半胱氨酸的质子化 状态和相环境以探索影响配位构型的因素。计算了形成M孑+复合物反应的自由 能，发现随着质子化半胱氨酸数目的增加，有利的结合模式从四配位构型向六 配位构型转变。使用MD模拟进一步探索了M92+在p53DBD活性位点的结合模 另外，这两种金属离子对保持Ar9248的有利取向以和DNA相互作用有重要贡