1种蛋白质Loop片段结构的概率生成模型.pdfVIP

第27卷 第 5期 计算机与应用化学 V_01．27．No．5 2010年 5月28日 ComputersandAppliedChemistry May,2010 1种蛋白质Loop片段结构的概率生成模型 杨鹏 ，吕强 ，杨凌云 ，吴进珍 ，温炜 (1．苏州大学计算机科学与技术学院，江苏，苏州，215006； 2．江苏省计算机信息处理重点实验室，江苏，苏州，215006) 摘要：在计算生物学中，根据蛋白质的氨基酸序列预测蛋白质的结构是尚未解决的重要问题之一，而其中的 1个难点是预测蛋白质 中Loop片段的结构。本文用 1阶马尔可夫模型为基础，通过对其训练，可根据氨基酸串和 2级结构信息为蛋白质Loop片段概率 建模和采样。其中用Ramachandran图示法的二面角对描述蛋白质结构，模型的训练和推理通过工具包Mocapy来完成。并使用KL 交叉熵和角度差异值作为实验检验标准来完成Loop分布情况的测试实验，同时在从头预测L