重建代谢网络及其结构与功能的分析.pdfVIP

第 27卷 第5期 计算机与应用化学 Vo1．27．No．5 2010年 5月 28 日 ComputersandAppliedChemist~ May，2010 重建代谢 网络及其结构与功能的分析 丁德武 ，丁彦蕊 ，陆克中 ，须文波 ，黄海生 (1．池州学院数学与计算机科学系，安徽，池州，247000；2．江南大学信息工程学院，江苏，无锡，214036) 摘要：文中研究重建代谢网络及分析其拓扑结构与功能。首先，详细介绍用于重建代谢网络的主要数据类型以及相 关数据库。然后 ，介绍重建和精练代谢网络的方法，及重建苏云金芽胞杆菌 (Bacillusthuringiensis)代谢网络的工作。 用代谢物图表示该网络，共830个节点，1132条连线。最后，分析网络的拓扑结构特征 ，借助代谢网络 “蝴蝶结”结构 的特征对其予以简化 ，并从网络的小世界效应、节点度分布和关键代谢物3方面分析其巨强连通体。该巨强连通体 的平均路径长度为8．63，节点度分布符合幂律分布，表明它是一个典型的小世界和无标度网络。同时，研究结果表 明其关键代谢物均具备重要的生物学功能意义。 关键词：代谢网络；度分布；蝴蝶结 ；小世界 中图分类号：TP339；Q5 文献标识码：A 文章编号：1001-4160(2010)05-591-596 1 引言 能分析方面，基于网络拓扑结构的静态分析法用的较多，而 图论法是主要方法 。 生物信息学时代的主要研究对象是序列，通过序列分析 表 1 代谢网络研究涉及的主要学科 来发现基因、确定基因功能和分析预测蛋白结构等…。近年 Table1 Maindisciplinesforinvestigatingmetabolicnetworks． 来，随着对基因功能的不断深入和广泛的了解，完成测序的 代谢网络的特征 涉及学科 生物数量迅速增加，系统生物学和复杂 网络理论 的不断发 复杂 数学、计算机科学、生物信息学 展，对生物网络 (如 ：基因调控网络、蛋白交互网络 、新陈代谢 自治 控制论 网络、信号转导网络等)的研究，在生命科学中越来越受重 鲁棒 系统科学 视 I4]。在各种生物 网络 中，代谢网络的信息最完备最可 反应生命现象 生物科学 描述物化过程 动力学 靠。此外，代谢网络是唯一整合了多种不同类型数据 (基因、 能调整 进化动力学 蛋白、代谢物等)的生物网络，因而成为系统生物学的重要研 本文首先详细介绍用于重建代谢网络的主要数据类型 究对象 一 。 以及相关数据库。然后，介绍重建和精练代谢 网络的方法 ， 按代谢网络理论 ，细胞的生化反应是一完备的相互作用 及重建苏云金芽胞杆菌代谢网络的工作。最后，分析网络拓 体系，应研究网络的整体，而不是孤立考虑。细胞代谢的网 扑结构的特征，借助代谢网络 “蝴蝶结”结构的特征予以简 络由上万种酶催化的系列反应系统、膜传递系统、信号传递