代谢工程复习.docVIP

一、根据生化代谢系统反应反应特点对生物体生化反应进行分类： 1. 装配反应（Assembly Reaction）：完成大分子的修饰，并将大分子运输到细胞内的特定区域，最终使其参与细胞结构元件的合成，如细胞壁、细胞膜等 2. 聚合反应（Polymerization Reaction）：使细胞构建单体聚合形成生物大分子，聚合过程均为长链式，中间伴有分支反应。 3. 生物合成反应（Biosynthesis Reaction）：最终产物是参与聚合反应的构建单体以及一些辅酶等。以级联形式组合，形成特定的生物合成途径，合成途径中编码不同酶的基因成簇分布，通常是一个操纵子。 4. 产能反应（Fueling Reaction）：分解代谢途径中的12种生物合成前体，产生能量合成ATP。ATP提供能量，产生还原力（NADPH）。 二、术语 1. 底物：培养基中的化合物，能被细胞进一步代谢或直接构成细胞组分。碳源、氮源、能源、无机盐 2. 代谢产物：细胞产生并分泌到细胞外的化合物，分为初级代谢产物（CO2、乙醇等）、次级代谢产物（该生物无明显生理功能，或并非是微生物生长和繁殖所必需的物质，如抗生素、毒素、激素、色素等 3. 生物基质要素：生物大分子，RNA、DNA、蛋白质、脂质、糖类 4. 胞内代谢物：代谢途径的中间产物以及用于合成大分子的结构单元 5. 途径：代谢物的转化、信息传递以及其他反应的过程 6. 生化反应途径、代谢途径：由一系列连续的生化反应构成。在活细胞中则称为代谢途径 7. 生物反应网络：生化途径汇总构成网络 8. 代谢网络：包括物质代谢网络、能量代谢网络，由分解、合成、膜运输途径构成 9. 代谢网络的联网：通过化学反应或生化反应将化合物与代谢网络连接 10. 通量/物流：物质、信息通过代谢途径产生的速率 11. 代谢流（碳架物质流）：代谢物在代谢途径中形成代谢流，某一代谢途径的代谢流（Flux）定义为流入代谢物被途径加工成流出代谢物的速率。在代谢工程上称为，碳架物质流 12. 代谢主流：一定培养条件下，代谢物在代谢网络中流动，流量相对集中的代谢流为该条件下的代谢主流 13. 载流途径：代谢主流经过的代谢途径，代谢工程中，指碳流在网络中通过的主要途径，即生产产物让碳流相对集中进行生产的途径 14. 代谢主流的变动性、选择性：微生物的代谢主流处于不断变化中（变动性），其方向、流量、载流途径由于环境影响而发生改变（选择性） 15. 理想载流途径：代谢主流从设定的途径通过，该途径为理想载流途径 16. 代谢网络节点：代谢网络的交叉点即代谢网络分流处的代谢产物（代谢流的集散处）。条件改变，代谢流去向变化大的节点为主节点。分为柔性（流量分配容易改变并满足代谢需求的一类节点）、柔刚性（介于两者之间）、强刚性（是流量分配不容易改变的一类节点） 17. 节点的刚性：微生物自动抵制节点处流量分配的改变的特性 18. 代谢网络的刚性：微生物自动抵制代谢网络流量分布的改变的特性 19. 代谢物流分析：计算各途径的物流，描述不同途径间的相互作用以及支点物流分布 20. 代谢控制分析：指通过某一途径的物流与以流量控制系数表示的酶活之间的定量关系 21. 流量控制系数：流量的百分比变化/某一酶酶活（该酶理论上能够引起的流量的变化）的百分比变化 22. 总和原理：某一代谢系统中某一物流的所有酶的流量控制系数之和，为1 23. 弹性系数：表示酶催化反应速率对代谢浓度的敏感性；弹性系数是个别酶的特性 24. 物流分担比：途径A与途径B的物流比 生物技术的上、中、下游过程： 上游加工----最重要的是提供和制备高产优质和足够数量的生物催化剂 下游加工-----从反应液中提取目的产物加工精制成合格产品 中游加工-------生物反应器为中心 生物化学工程------包括中下游两部分? 黑箱模型： 1黑箱模型中细胞生物基质以黑箱形式与环境进行物质交换，因而生物活细胞内上千种生化反应被简化为单一反应，即生物基质的生长。 2进出黑箱的物质流量用特殊的反应速率来表征，即底物摄取速率rs和产物形成速率rp，其定义分别为单位时间单位生物基质所生成和消耗的物质量。 3第三个参数是黑箱模型中生物基质的积累量，用比生长速率m来表示。 代谢途径的组合： 是指在遵循各生化反应化学计量规律的前体下，寻找从初始化合物到目的化合物各种可能存在的生物合成途径。 细胞代谢流分析的基本理论： 1在测定胞外物质变化的基础上，通过细胞内各种生化反应的化学计量可以计算出胞内各物质的流量分配，相比之下，胞外流量是通过对细胞底物摄取率及产物分泌率的测定而获得的。 2代谢流分析的最终任务是绘制完整的代谢过程流量图，该图包括由各相关反应组成的完整代谢途径以及各代谢物在稳定态时的流量精细分布。 确定细胞内代