实验六 蛋白质家族序列模式及多序列比对.docVIP

实验六、多序列比对及进化树的构建（3学时） 目的： 1、了解蛋白质序列模式二级数据库的结构、内容及基本使用方法。 2、了解多序列比对工具ClustalW/X的使用方法并学习对比对结果进行编辑与分析。 3、学习如何构建系统进化树。 内容： 蛋白质功能位点数据库PROSITE、蛋白质序列指纹图谱数据库Prints的内容、结构及使用。 熟悉PROSITE数据库的数据结构。 从生物学院-国家生物学理科基地-课件下载处下载最新的课程相关内容.rar,解包后打开实验数据-实验二中的CBI EMBL format_P02753，找到Database cross-references项中的PROSITE，点击PS00213的链接。则显示PROSITE数据库中Lipocalin 模式（AC号为PS00213）的记录信息。利用网上的PROSITE user manual（ HYPERLINK /prosite/prosuser.html#convent36 /prosite/prosuser.html#convent36）理解每一个字段及内容的含义。回答问题： Lipocalin pattern的长度是多少？ 请解释/TAXO-RANGE=??EP?的含义。 分别解释NR字段中三行数据的含义。 Q28133蛋白（ALL2_BOVIN）是否符合此pattern？ Is this a good pattern? Why? PROSITE数据库的检索。 ExPaSy( HYPERLINK /prosite/ /prosite/) 及SRS（ HYPERLINK ， HYPERLINK http://srs.ebi.ac.uk http://srs.ebi.ac.uk ）都提供了对PROSITE数据库的检索服务。可以通过AC、ID、description、author等信息进行数据库检索，你还可以通过各序列数据库中的交叉引用链接（cross-references or xref等）找到相应的PROSITE pattern, profile or rules信息。 ScanProsite工具（ HYPERLINK /tools/scanprosite/ /tools/scanprosite/）则可以分析查询序列中可能包含的序列模式或序列谱，以作为进一步鉴定的基础。同时，ScanProsite还可以利用特定的序列模式进行对SWISS-PROT、TrEMBL及PDB数据库的搜索以获得相应数据库中所有具有此模式的序列。利用ScanProsite的help页面了解有关的使用方法。回答问题： 如果查找PLEK_HUMAN序列中所包含的序列模式或序列谱？ 如何利用ScanProsite在SWISSPROT中查找有多少个人类（homo sapiens）序列包含有与PLEK_HUMAN相同的序列谱？请写明过程。此查询执行的过程很慢，预先作过的结果可从实验六-prosite- ScanProsite Results Viewer of PLEK_HUMAN PROFILE.html文件中查看。 蛋白质序列指纹图谱数据库Prints的数据内容及查询工具。 利用课程相关内容-实验数据-实验二中的CBI EMBL format_P02753，找到Database cross-references项中的PRINTS，点击PR00179的链接，即显示PRINTS数据库中Lipocalin 蛋白序列指纹信息。利用PRINTS数据库的用户指南（ HYPERLINK http://umber.sbs.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/printsman.html http://umber.sbs.man.ac.uk/dbbrowser/PRINTS/printsman.html）熟悉其中的内容与含义。利用FingerPrintScan（ HYPERLINK http://umber.sbs.man.ac.uk/fingerPRINTScan/ http://umber.sbs.man.ac.uk/fingerPRINTScan/）进行查询序列中的序列指纹鉴别（以实验五中的蛋白质查询序列为例）： MSTAVLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKEEVGALAKVLRLFEENDVNLTHIESRPSRLKKDEYEFFTHLDKRSLPALTNIIKILRHDIGATVHELSRDKKKDTVPWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVEYMEEEKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCTG