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并行计算与联想深腾1800系列机群系统 联想高性能服务器事业部 2003年3月 1. 理论科学 2. 实验科学 3. 计算科学 计算力学、计算生物学、计算化学、计算气象学、计算材料学、计算物理学、计算流体力学、计算电子学、计算分子动力学、 串行程序的发展阻碍 物理速度渐变发展 芯片速度每18月加快一倍 内存传输率每年加快9% 物理极限无法突破 芯片晶体管接近原子极限 传输速度不可能突破光速 计算速度如何提升？ 优化设计层次 问题定义 系统结构 算法 数据结构 代码调优 系统软件 系统硬件 软件代码调优 汇编指令级 内部函数 向量类库 多线程 循环转化 编译器及参数 性能库 并行计算 并行机的发展 向量机(超级计算机)： CRAY, 银河I SMP(小型机)： IBM , 690SUN，联想深远 MPP(大规模并行机)： T3E，曙光1000 ccNUMA(分布共享存储机)： SGI Qrigin 机群系统：联想深腾1800, IBM SP 机群服务器异军突起 主流CPU性能对比 推广普及 并行计算 并行计算 并行算法设计 PRAM模型、BSP模型、logP模型、C3模型 功能设计、分治设计、平衡树设计、倍增设计 划分、通信、组合、映射 并行程序开发 SIMD、MIMD、SPMD、MPMD 向量、共享、分布、机群…… 负载平衡、任务调度、选路方法、开关技术…… 并行化分解方法 任务分解 多任务并发执行 功能分解 分解被执行的计算 区域分解 分解被执行的数据 并行计算运行模式 相并行 分治并行 流水线并行 主-从并行 工作池并行 相并行模式 分治并行模式 流水线并行模式 主-从并行模式 工作池并行模式 常规并行方式 任务并行 不同参数的大量工况计算 区域分解并行 大规模多节点分块并行计算 联想机群操作系统 用户应用 并行程序设计模型 数据并行 HPF、Fortran90 共享存储并行 OpenMP、Pthreads 消息传递并行 MPI、PVM 航天部701所串行程序并行化 计算流体力学程序 数值求解Navier-Stokes方程 均匀网格空间离散 二阶中心差分格式 时间方向显示推进 总代码量5000多行 联想代工式并行化开发 计算流程及空间离散 空间离散分块并行 并行计算流程 并行计算结果 联想服务 软件调优培训 从汇编到编译器、高性能库的全系列调优技术 并行计算培训 并行计算；MPI、OpenMP并行程序开发 辅助式并行化开发 手把手帮助用户开发并行应用 代工式并行化开发 用户给联想串行程序， 联想给用户并行程序！ 深腾1800当前支持的并行版软件 石油： OMEGA、Promax、Focus CAD/CAE： Ansys/ls-dyna 、MSC.Marc 、MSC.Dytran 、 MSC.Nastran 汽车碰撞分析：ESI、 气象/环境： MM5、 ccm3 、LASG/IAP、ARPS、Regccm2 计算流体力学：Fluent、 计算化学：Gauss98/2000、NWChem 生物/医学：SRS、phrap、blast、fasta、repeat-masker、cross_match、emboss 更多软件：NAMD、EGO、CPMD、VASP、FIDAP、IMSL…… 科学研究方法 科研 工作者 计算机 软件工程师 计算机 硬件工程师 开发维护更困难 开发维护更容易 下一步 ? 机群结构 1048 2444 5600 2.8 GHz P4 XEON Intel 1431 3534 4000 1 GHz Itanium2 Intel 1200 2100 4500 2500 5800 Peak (Mflops) 499 1106 600MHz MIPS SGI 711 1076 1050MHz UltraSparc Sun 782 1929 2250MHz Athlon2800+ AMD 1019 1945 1250MHz Alpha HP 1221 3245 1.45GHz Power4 IBM Specfp 2000Base TPP n=1000 Clock CPU Manufacturer 下一步 ? 串行程序并行化！ 提供给用户一个虚拟的大型机环境 简化用户工作，自动实现任务并行 1.0 840 1 7.3 115 8 9.6 87 16 17.4 49 32 加速比 索引所用机时 (分钟) 节点数量 微生物所：GENBANK索引建立的计算 主进程 航天部701所计算流体力学程序 串行程序并行化 1.97 22.5 2 15.16 2.928 16 (8节点) 7.93