计算机科学与技术_201020112_B07030608_开题报告.docVIP

南京邮电大学毕业设计(论文)开题报告 题　　目 Hamilton 圈的DNA算法设计 学生姓名 班级学号 B070306 B070306 专业 计算机科学与技术 1.对指导教师下达的课题任务的学习与理解 DNA计算（DNA computing）是当今世界科学研究前沿的热点。2.阅读文献资料进行调研的综述 有关Hamilton问题的一些数学描述如下:含有图中所有顶点一次且仅一次的路径称Hamilton路;含有图中除初始顶点外的所有顶点一次且仅一次,并结束于初始顶点的圈称Hamilton圈;含有Hamilton圈的图称Hamilton图。Hamilton圈问题是一个典型的NP完全问题。　 DNA计算（DNA computing）是当今世界科学研究前沿的热点。DNA计算主要依赖Watson-Crick碱基互补配对原则，利用DNA分子生化反应中具有电子计算机无可比拟的巨量并行计算和海量信息存储特性，立足于生物化学实验技术，采用穷举策略解决问题。DNA计算的过程简要描述如下：在实现一种算法时，首先把要处理的信息合成特定排列的DNA分子片段，作为数据输入；然后根据算法的逻辑要求，确定工具酶和生化反应的环境（如温度等），并在它们的作用下，控制DNA分子片段的反应；最后对制造出的新的DNA分子片段进行解读，得到计算结果。 本课题要求设计4-7个顶点的Hamilton 圈的DNA算法。由于不具备实现DNA计算的现实环境下，要求用电子计算机程序模拟DNA计算。 成果形式： （1）Hamilton 圈的DNA算法； （2）电子计算机程序模拟DNA计算的程序。 3.根据任务书的任务及文献调研结果，初步拟定的执行（实施）方案（含具体进度计划） 第四步:对于这n个顶点中的每一个顶点，犷，去掉所有不包含顶点v的路. 输出:如果存在路，输出“是”，否则输出“否”. 实质上，此算法是在执行穷举搜索，在Adleman的算法中，DNA串的巨大规模的并行计算处理了令人讨厌的非确定性，watson—CriCk碱基互补原则用来确保构造出的边的序列就是图G中的路.DNA计算的优势是其具有强大的并行性.但是在解决组合优化中的NP一完全问题时，传统的DNA计算模型面对指数级增长的解空间却显得无能为力.据估计对于200个顶点的H即问题，按照Adleman的方法，所需的DNA分子将超过地球的重量，为了解决“指数爆炸”问题，总结了目前国外的几种解决方法. 拟讨论最新的DNA计算在NP问题即点染色问题和边染色问题中的应用.用DNA计算解染色问题，其主要思想是将着色问题分解成顶点独立集问题和顶点划分问题进行解决，该算法将点(边)的DNA编码分为两部分，一部分存储点(边)和色位置的二维数据，另一部分存储色号值.先将此NP问题在多项式时间内归约到可满足性问题.对初始试管T0选用粘贴模型的操作，并引入Discard表示“舍弃”操作(将试管中的溶液倒掉)，以Lipton解决SAT问题的思想为依据，给出求解图G的顶点k一着色问题的算法.然后在DNA计算的去除操作过程中采用批删除操作，从而有效地解决了此染色问题.随着社会和技术的发展，许多工程领域中的复杂巨系统不断涌现，充满着各种各样的非线性问题，形形色色棘手的完全问题处处可见，而DNA计算机有望解决当今在电子计算机上许多无法解决的问题.用DNA计算来解决此类染色问题具有重大的实际意义，在诸多领域都有很好的应用前景. 计划进度安排1-第2周：资料阅读，开题； 3-第5周：理论学习及方案设计； 6-第10周：编码及调试； 10-第14周：软件完善及撰写毕业论文参考文献 [1] Adleman L M. Molecular Computation of Solutions to Combinatorial Problems [J]. Science. 1994,266:1021-1024 [2] Deaton R,et al. Reliability and Efficiency of a DNA-Based Computation [J]. PHYSICAL REVIEW LETTERS.1998.80:417-420[3] Paun G, Rozenberg,Salomaa A. DNA Computing: New Computing Paradigms[M]. Springer.1998 [4] 洪龙 等. Hamilton圈问题的DNA算法. 南京航空航天大学学报,2006,38(2): 222-226 [5] Hong Long, Zhu Wu Jia and Wang Jian Dong. Hierarchical structure of application oriented bio-molecular compute