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Techniques to manipulate DNA
Phenol/chloroform
extraction
Ethanol precipitation
Concentration determination
Gel Electrophoresis
DNA hybridization
Southern Blotting
Melting temperatures
PCR
Example: Is the BRCA3 gene involved in
Suppressing breast cancer?
BRCA 1 BRCA3
BRCA2
EcoRI BRCA3 EcoRI
NIH
Southern Blotting
ETOH ppt
Phenol ProtK SDS
Chloro
Spin
tissue
Paper Towels
1
The “Hyperchromic Shift”
2
Southern Blotting
ETOH ppt
Phenol ProtK SDS
Chloro
Spin
tissue
Paper Towels
1
Agarose Gel Electrophoresis
_ +
3
Sample Well
25 ng 1 kb ladder
0.8% Agarose
Agarose Gel Electrophoresis
kb
12
10 Sybergold Detection Limit: ~0.2-0.5 ng DNA
8
6
4 EtBr Detection Limit: ~5-10 ng DNA
2
1
(Not in handout)
Log (MW) is linearly related to mobility
High % has no
resolving power
at high MW
10 kb
1 kb
Low % has no
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