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实验五 进化树分析 实验目的 1.理解系统发育分析的基本原理 2.学会使用MEGA5.1软件包构建系统发育树。 实验原理 系统发生树（英文：Phylogenetic tree）又称为演化树（evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关系的树。是一种亲缘分支分类方法。（cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。 作业 1.使用MEGA5.05软件包构建蛋白质进化树的具体使用顺序，并写出具体步骤。 2.以下面的序列为材料构建系统进化树，并将进化树抓图。 附序列：花生SAMDC蛋白质进化树分析，见SAMDC ms.txt文档。 * MEGA5可以识别fasta格式文件 将 17-RNASE1.fasta.txt 重命名为 17-RNASE1.fasta 选择打开方式为MEGA5，打开17-RNASE1.fasta，自动跳出序列窗口 用ClustalW做多序列联配 ClustalW参数设置 多序列联配后结果 以.meg格式保存结果 回到MEGA主窗口 打开所保存的文件（.meg） 点击按钮打开文件窗口 显示保守位点 显示变异位点 回到MEGA主窗口构建进化树 当前打开的文件 选择邻接法建树 选择Bootstrap检验 * * * * * * * * * * * * * * * * * * * *
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