病毒宏基因组学在动物病毒研究中的应用及研究进展.pdfVIP

第３５ 卷第４期 湖 北 畜 牧 兽 医 Ｖｏｌ．３５ Ｎｏ．０４ ２０１４年　０４月 Ｈｕｂｅｉ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆＡｎｉｍａｌ ａｎｄ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ Ａｐｒｉｌ　２０１４ 病毒宏基因组学在动物病毒研究中的应用及研究进展 廖勤丰，李文娟，向帮全 （重庆三峡职业学院动物科技系，重庆 万州　４０４１５５） 摘要：近年来，新发人畜共患病呈现逐年递增的趋势，人类想要征服新发人畜共患病，就必须提前发掘潜在的新的 致病性病原，并针对新病原进行基因组分析、流行病学调查、致病机制及疫苗开发等方面的研究。病毒宏基因组学 是在宏基因组学基础上发展起来研究特定环境中病毒的新兴技术，该技术结合深度测序技术（第二代、第三代测 序技术）已经在人类、动物、特定环境中挖掘出大量的新病毒，该技术不依赖于病毒培养及病毒序列，在国内外被 广泛应用于新发人畜共患病病原的挖掘与临床诊断。就病毒宏基因组学在动物病毒研究中的应用及研究进展进 行了介绍。 关键词：病毒宏基因组学；动物病毒；应用；进展 中图分类号：Ｓ８５２．６５；Ｑ７８　　　　　　文献标识码：Ｂ　 文章编号：１００７－２７３Ｘ（２０１４）０４－００７６－０３ 　　病毒是引发人畜共患病的主要病原体之一，伴随 “Ｔｈｅ ｃｏｌｌｅｃｔｉｖｅ ｇｅｎｏｍｅｓ ｏｆ ｓｏｉｌ ｍｉｃｒｏｆｌｏｒａ”。该学科最 ［１０］ 环境、生态和人类行为等各方面因素的变化，新发人畜 早可追溯到１９９１ 年，Ｓｃｈｍｉｄｔ等 首次提出环境基因 共患病也呈现逐年递增的趋势，它们极大地威胁着人 组学的概念，他们在对太平洋浮游生物进行系统分类 类和动物的健康和生命，并给畜牧业和农业的健康发 时构建了第一个噬菌体文库，并发现了１５ 种全新的细 展以及自然界生态链的平衡带来危害及灾难。然而， 菌序列。１９９９ 年，宏基因组学概念是由Ｈａｎｄｅｌｓｍａｎ ［１１］ 许多新发人畜共患病的病原最初往往是未知的，如 等 首次提出，他将“土壤中所有微生物基因组的总 ［１］ ［２］ １９８６年的牛海绵状脑病 、１９９９年的尼帕病毒 、２００３ 和”命名为土壤宏基因组，系统给出了宏基因组的概 ［３］ 年的ＳＡＲＳ冠状病毒 、１９９７ 至今不断变异的高致病 念，提出针对特定环境样品中遗传物质总和进行非培 ［４－７］ ［８］ ［１２］ 性禽流感Ｈ 和Ｈ 、２００９年的甲型Ｈ Ｎ 、２０１０年 养研究。２００５年，Ｃｈｅｎ等 对宏基因组进一步概括为 ５ ７ １ １ ［９］ “应用现代的分子生物学技术直接从环境中获取的目 的新型布尼亚病毒 ，它们都经历了一个从未知到己 知的探索过程。为此，及早地发现，鉴别未知的或新出 的微生物群落基因组，叫宏基因组”。 现的病原，是有效预防和控制传染病的先决条件之一。 病毒宏基因组学（Ｖｉｒａｌ ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃｓ）是宏基因组 传统的诊断技术已不能满足提前预警或快速诊断新发 学的一个分支，指研究特定环境中的病毒群落的一门 人畜共患病的需求。近年来，病毒宏基因组学［１０，１１］的 技术。近年来随着新测序技术的不断发展，尤其是第 出现和兴起，为人类诊断新发人畜共患病和探索潜在