GSEA在全基因组表达谱芯片数据分析中的应用.pdfVIP

现代生物医学进展 Progress in Modern Biomedicine 2009 Vol.9 No.13 2553 · · ·专论与综述· GSEA 在全基因组表达谱芯片数据分析中的应用* 1 2 3 3 1 3△ 冯春琼 邹亚光 周其赵 李铁求 梁 爽 毛向明 1 2 3 510515 （南方医科大学基因工程研究所，南方医科大学南方医院口腔科，南方医院泌尿外科，广州广东 ） GSEA 摘要： 是一个可下载后免费使用的全基因组表达谱芯片数据分析工具。它根据已有的对基因的定位、性质、功能、生物学意 义等知识的基础上，首先构建了一个分子标签数据库，数据库中包含了多个功能基因集。通过分析一组处于两个生物学状态的基 因表达谱杂交数据，它们在特定的功能基因集中的表达状况，以及这种表达状况是否存在某种统计学显著性。GSEA 是从另一个 角度来诠释生物信息，可进一步完善我们对相关生物学事件的认识。 GSEA 关键词： ；基因表达谱；数据分析 Q75 Q78 B 1673-6273 2009 13-2553-05 中图分类号： ， 文献标识码： 文章编号： （ ） The Application of GSEA in Data Analysis of Genome Microarray* 1 2 3 3 1 3△ FENG Chun -qiong , ZOU Ya-guang , ZHOU Qi-zhao , LI Tie-qiu , LIANG Shuang , MAO Xiang -ming 1 Institute of Genetic Engineering; 2 Dep artment of stomatology; （ 3 Dep artment of Urology, Nan fang Hosp ital; Southern Medical University, Guang zhou 510515, China） ABSTRACT: GSEA is one of free tools for analyzing the genome microarray data. It created a molecular signatures database based on the known knowledge of the positions, characteristics, functions, biological meanings of genes, the databse contained many different functional gene sets. Two groups of microarray data, such as experimental and control groups, were analyzed by GSEA, so the enrich- ment situations of the genes in some chosen gene sets could be learned, even the enrichment had statistic significant or not. GSEA ex- plained the bio