生物信息学 第三章.docVIP

第三章 结构数据库 【前介】 本章将集中介绍生物信息学中生物分子结构的有关内容，并将研究重点放在三维结构实际存在的氨基酸序列上，力图使读者了解结构数据库记录的内容及如何合理应用各类通用软件程序处理这类记录。本章不涉及结构生物学家们建立三维分子结构的计算程序，也不讨论相似蛋白质构象的精细结构。在本章参考书目后列出了一些优秀的讨论蛋白质构象的有关专著和蛋白质结构决定方法。 用图象直观表示蛋白质和核酸结构在生物化学教科书和研究论文中屡屡出现。这些图象是美丽迷人的反而使我们忽视了图象背后所反映的实验细节#0;#0;#0;实验中应用的生物物理方法，X射线晶体衍射学家和核磁共振波谱分析学家们努力工作的成效.在结构数据库中记录的数据是实用化的实验数据。 它既不同于直接由仪器获得的原始数据，也并非原始数据的简单数学转换。每一个结构数据库记录都内含着随结构预测技术的进步而不断变化的假设和偏好。尽管如此，每个生物分子结构蕴涵着有关序列所缺失数据的至关重要的信息。 三维分子结构数据的一些概念 首先做一个关于如何记录生物高聚物的三维数据的思想实验。考虑一下如何在纸上记录如肌球素这类蛋白质的三维球棒模型的所有细节和尺度关系。一条开始的途径是从由三维模型主干描绘出的氨基酸序列入手。从N’端开始，我们通过将每个残基的化学结构与20种普通氨基酸化学结构（其结构的图解可以从教科书中找到）比较，以识别每个氨基酸侧链