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蛋白质结构预测是指从蛋白质序列预测出其三维空间结构。 蛋白质的生物学功能依赖于其空间结构，因此进行蛋白质结构预测对理解蛋白质结构与功能的关系，进行蛋白质工程和药物设计具有重要意义。 一、蛋白质结构的价值 1、结构与功能的一致性 例1：肌球蛋白和血红蛋白的结构十分相似，这反映了它们进化上的关系和作为氧携带者的保守功能；但它们氨基酸序列的相似性只有39％。 可能会有数以千计的假想蛋白质和已知蛋白质具有相似的关系，它们的序列分化的很远以至于不能再用序列分析检测同源关系，但是它们的结构可以识别它们之间的同源关系。 明显不相关的序列可能具有相似的结构。 结构蛋白组学的目标就是发现每一个蛋白质折叠家族中的代表成员，并解析其结构，为结构比较提供模板。这种结构的比较可以用于假想蛋白质的功能注释，甚至再序列分析显示不同源的情况下也可以提供功能信息。 结构与功能的非一致性 尽管蛋白质的结构对于预测其功能十分有帮助，但需注意：结构与功能之间并不是简单的一对一的关系。蛋白质具有相似的结构但经过进化以后可以执行不同的功能。 蛋白质结构预测是基于两种需求发展起来的 氨基酸序列和蛋白质高级结构间的关系是生物学中心法则的延伸，对了解生命现象的本质有重要意义。 蛋白质结构的测定速度远跟不上序列的增长速度，而高级结构的信息对蛋白质工程的研究、药物设计等都是必须的，因此，结构预测成为一种