我国超级杂交水稻基因组学及研究及其应用.pptVIP

LOGO位置 * 并收集了四个不同生长时期、七个不同组织的水稻样品，共建立了十八个蛋白样品库， 而由于基因网络状的构架和基因间的交互作用， 水稻白叶枯病是世界上危害最为严重的水稻病害之一。Xa21是水稻中第１个通过图位方法克隆的基因，也是第1个克隆的抗白叶枯病基因，迄今已有５个抗白叶枯病基因被克隆。其中，Xa26基因在水稻苗期和成熟期都表现出白叶枯病抗性，通过图位克隆方法从水稻品种明恢63中分离。Xa26基因编码一个富亮氨酸重复序列的类受体激酶，由1103个氨基酸组成。以牡丹江为背景的转Xa26基因水稻表现出高水平的广谱抗性；基因具有剂量效应，过表达可拓宽白叶枯病抗谱。序列分析表明Xa26属于多基因家族，Xa4基因可能为Xa26家族中的成员。对4个籼粳稻品种的序列比对表明，不同水稻单倍型中的Xa26家族由4～12个成员组成，在进化过程中由于重组、缺失、点突变等造成了该家族成员的多样性。 PPT制作：周凯丽 PPT演讲：孙紫烟 小组成员：洪豆 冯洪波 我国超级杂交水稻基因组学研究及其应用 1 2 3 中国杂交稻基因组计划 杂交水稻基因组学研究 杂交水稻基因组学应用 目 录 超级杂交水稻 超级杂交水稻是采取两用光温敏核不育系Y58S为母本，与含籼粳交和籼爪交复合血缘的重穗密粒型强优势恢复系奥R8188配育成。其育种方法是用三系法（不育系，自交系，恢复系）或者后来衍生出的两系法和一系法得到杂种一代。 杂交稻基因组计划 中国杂交稻基因组计划的第一期工作，以超级杂交稻的父本——籼稻“9311”为对象，包括基因组测序、基因表达和蛋白质表达谱等系列研究。第二期工作，包括杂交稻的母本基因组测序和功能研究，通过比较基因组的系统研究方式，重点探讨杂交优势的机理。 2001年9月，完成了中国籼稻基因组工作框架图的绘制工作。2002年12月，中国又领先完成了籼稻基因组的序列精细图的绘制工作。在基因组的基础上，还完成了水稻生长发育全过程的蛋白质组图谱的绘制工作；设计并研制成功了世界上第一个覆盖水稻全基因组的基因芯片，正在进行与蛋白质表达谱相对应的基因表达研究工作。全基因组芯片使全面观察和研究水稻的基因表达成为可能。 杂交稻基因组计划 水稻基因组学研究 — 基因组的诠释及结构和功能的系统研究 对于基因组的诠释及结构和功能的系统研　　　　　　究，我们用了“全基因组鸟枪法”对籼稻基因组进行了六个覆盖度的测序，并进行了组装，并整合定位到已知的遗传图谱和物理图谱上，得到了基因覆盖为98％水稻基因组精细图。用了约三万条全长cDNA数据集和十万条基因片段来和水稻基因组序列进行比对，定位这些已知基因。最终我们较为满意地完成了工作量和难度都巨大的水稻基因组注释，准确度达90％以上。 水稻基因组学研究 — 基因组的诠释及结构和功能的系统研究 　　依据水稻的全基因组序列，我们选用了已知和预测的全部基因，设计了70碱基长的基因区段进行人工合成。严格筛选条件，挑选基因中最合适进行核酸杂交的部分。为增大使用范围，还兼顾了籼稻和粳稻两个亚种的基因同源性，共合成了6万2千个基因区段，与邓兴旺教授合作，率先成功研制了可批量生产的水稻全基因组基因芯片。 标题信息 水稻第六染色体长臂亚端粒区的局决遗传图（A）和物理图(B) 体字表示本研究使用的分子标记,细横线下的数据表示图距(cM);粗横线表示BAC克隆.图A下B间的斜线表示物理图谱与遗传图谱的对应区域. 水稻基因组学研究 — 基因组的诠释及结构和功能的系统研究 　　生物体的功能执行的最终扮演者主要是基因的产物——蛋白质。利用基因组数据库和高性能计算能力结合先进的质谱分析技术，绘制了水稻不同生长时期的蛋白质表达谱，使用双向凝胶电泳和液相色谱两种方法进行蛋白质的分离和鉴定，对其蛋白质表达谱进行了全面的、动态的研究，得到了约一万个蛋白数据标签。这些蛋白质表达谱，加大了水稻基因组数据库的实用性，为基因表达研究和基因预测的准确判定提供了有力的证据。 水稻基因组学研究 —水稻基因组在人工自然选择下的遗传变异研究 　　DNA序列的变异及对相应蛋白的影响，是不同表形的水稻生物学性状的分子基础。研究水稻的遗传变异是理解基因型与生物表型及功能活动相关性的关键。通过对籼、粳两稻栽培种亚型的全基因组比较分析，得到了超过一百万的单核苷酸多态性 。 水稻基因组学研究 —水稻基因组在人工自然选择下的遗传变异研究 　　经进化分析得处在水稻基因组上多态性较少区域中的那些基因承受更强的选择压力，同时受插入删除的影响更大。因为大多数插入删除都破坏了基因的正常读框，这意味着很多人工选择下发生的突变都是使基因丢掉功能的突变。一些基因的死亡同时使得一些原来隐藏起来的基因的显型特征表现出来，从而在环境变化下快速