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Shelxtl 5 结构分析软件包 软件简介 软件结构 数据校正——SADABS 数据处理——XPREP 结构解释——XS 结构图形——XP 结构修正——XL 结构报告——XCIF 其它程序 一、软件简介 SHELXTL系列结构分析软件包是由德国Goeltingen大学Sheldrick教授等编写的，主要版本有：Shelx 86, Shelx 93, Shelx 97及SHELXTL 5.*，其中Shelx 86版提供了整套软件，包括XP。但自从SIEMENS(BRUKER)公司购买了该套软件并命名为SHELXTL之后，就不再免费提供XP及XPREP。 本所在购买SMART CCD时同时购买了MSDOS及UNIX版SHELXTL 5.0.3程序包，其中MSDOS版程序带有加密软件狗，目前本所运行的主要是这一版本的程序，但该程序采用386-DOS保护模式，只能运行于MSDOS系统，不能运行于WINDOWS操作界面，在WINDOWS操作系统下必须切换到DOS方式才能运行。 本实验室另外得到了SHELXTL 5.1 NT版程序，该套软件运行于NT系统下，也可在WINDOWS 95/98系统下运行(运行时XP有些问题)，但这套程序我们未购买版权。它与SHELXTL 5.0.3的运行界面几乎相同。 本实验室目前有两台INDY工作站运行SHELXTL 5.0.3。 二、软件结构 SHELXTL软件包包含五个主要程序：XPREP，XS，XP，XL，XCIF。它们使用的文件为“name.ext”，其中“name”是一个描述结构的自己定义的字符串，不同的“ext”则代表着不同的文件类型。 在SHELXTL结构分析过程中，主要涉及到三个数据文件：name.hkl；name.ins；name.res，其中INS和RES文件具有相似的数据格式，区别只是INS是指令(instruction)文件，它主要是充当XS及XL的输入文件，而RES是结果(result)文件，主要保存XS及XL的结果，RES中包含有直接法XS或最小二乘法XL产生的差Fourier峰。 HKL文件是ASCII型的衍射点数据文件，包含H，K，L，I和σ(I)，其格式： 0 0 1 36.57 1.31 1 0 0 487057.13 2178.69 1 …… h k l I σ(I) HKL文件的格式决定了它不能进行除了DIFABS型校正之外任何校正。 SHELXTL运行图 INS和RES文件中主要包含单胞参数，分子式(原子类型)，原子位置坐标及XL指令等，它们是由一些指令定义的ASCII文件。 本实验室为用户提供了下列数据文件： ①*1.raw,*2.raw… CCD最原始文件，为校正而保留 ②*._ls 记录数据处理文件，包含数据完成度及最后精修单胞参数所用的衍射点 ③*.abs 校正结果文件，主要包含Tmin，Tmax ④*.hkl 经SADABS校正后的衍射点文件 ⑤*.p4p 矩阵文件，包含单胞参数 这些数据文件存储于工作站相应的户头及目录上，本实验室为结构片的各个组都提供了一个户头，它的地址为局域网地址： 2 可以在当地微机(WINDOWS)上通过设置双地址的方式来产生192.168.0.*地址从而访问这一工作站。 三、数据校正——SADABS SMART CCD由于设备的特殊性使得它不具有四圆一样的PSI校正(由于晶体外观的不对称性)，但由于在CCD所收集的数据中有很多对的等效点，因而也可拟合出一条经验校正曲线。SADABS就是Sheldrick特别为CCD数据编写的校正程序。 由于SADABS使用等效点，因而要求输入正确的Laue群，只有正确的Laue群才能保证校正的正确性。 SADABS还提供了与θ有关的校正——所谓的球形校正，它的原理就是在不同的θ角衍射时，X射线通过的光程不同，因而吸收也不同，该校正要求μR值，其中R为晶体几何尺寸中最小的边长，而晶体的吸收因子μ是由化合物的分子式决定的，因而只有在结构完全解释出来之后才能进行这个校正，而这种校正目前有些刊物是要求提供的。也正因为如此，要求保留最原始的数据文件*.RAW。 四、数据处理——XPREP XPREP主要完成数据处理工作，它要求存在RAW或HKL文件，它的使用命令是： Xprep name 它是一个交互式菜单驱动程序并提供了一个缺省运行过程： 1.从name.hkl文件(若存在)或name.raw文件中读入衍射点； 2.从name.p4p或键盘获得单胞参数及误差； 3.判断晶格类型： XPREP首先对衍射点数据进行统计： 3910 Reflections read from file ylid.hkl; mean (I