色谱分析科学在-组学-研究中的地位和作用.pdfVIP

色谱分析科学在 “组学”研究中的地位与作用 邱宗荫 李惠芝 (重庆医科大学，重庆，400016,zongyin@) 2001年2月12日，中、美、日、德、法、英六国科学家和美国塞莱拉公司联合公布了人 类基因组图谱及初步分析结果。人类基因组共有3万至3.5万个基因，其中与蛋白质合成有 关的基因只占整个基因组的2%11]。由此产生疑问:①如果一个基因编码一个蛋白质的话， 这么少的蛋白质如何维持人体那么复杂而多变的生命现象?②如果一个基因可以表达出多 种蛋白，生物又是如何做到这一点的?③不编码蛋白质的98%的基因组有何功能?④在复 杂的生命过程中，DNA,RNA、蛋白质以及体内的代谢物之间有什么样的内在联系?为了 探究生命现象的本质问题，必须建立全新的研究思路。 过去的50多年内，实验生命科学的主要目标是寻找特定的基因或蛋白质，从而在分子 水平上根据个别的基因或蛋白质行为来解释生命活动。人们逐渐认识到，过去得到的图景过 于简单，生命实际上是一个由成千上万种基因、蛋白质和其他化学分子相互作用构成的复杂 系统;对于高等生物而言，除了分子层面的复杂行为外，还有着细胞、组织和器官等不同层 面的复杂活动;生命现象是这样一种复杂系统的整体行为。因此，注重整体性分析的 “大” 生物学是必不可少的，即各种 “组学”是研究复杂生命系统的基础。 一， “组学”(-OMICS)研究已成为生命科学的主流 “组学”的概念源于二十世纪九十年代，泛指细胞、组织或是整个生物体内某种分子 (DNA,RNA、蛋白质、代谢物或其它分子)的所有组成内容。基因组学 (Genomics)，转录组 学 (Transcriptomics),蛋白质组学 (Proteomics)，糖组学 (Glycomics)，代谢组学 (Metabolomics)，表型组学 (Phenomics)，相互作用组学 (Interactomics)是不同层面的 组学2]〔。无论何种 “组学”，研究的对象都是分子群，而非一种分子。其中:转录组学是研 究由基因组所决定的所有种类的mRNA。很显然，一个细胞在特定生理或病理状态下表达的 mRNA的种类不尽相同。 蛋白质组学是研究基因组所表达的所有的蛋白质以及不同生理和病理状态下的变化。 糖组学研究主要集中在蛋白质糖基化的研究上。其基本目标是:寻找编码糖蛋白的基因; 寻找糖基化位点;解析糖链及糖基化肤段的结构;研究糖基化的功能。代谢组学是利用动态 和多参数分析方法，研究生命体内在特定的环境和特定的条件下，所有的生物小分子;以及 在病理生理刺激和遗传变异条件下生物体系代谢水平的响应和变化，与基因组学、蛋白质组 学之间有着紧密的联系。 表型组是活细胞中除基因组以外一切成分的总称。表型组学 (亦称功能基因组学)包括 转录组学、蛋白质组学、代谢组学。相互作用组学的研究对象包括蛋白质一蛋白质，蛋白质- DNA，蛋白质一RNA的相互作用。而蛋白质一蛋白质相互作用组则包括蛋白质相互作用的网络 和蛋白质复合体组成的研究。 二. “组学”研究的技术瓶颈在于分离分析 无论是在DNA,mRNA层面，还是在蛋白质层面、代谢物的层面， “组学”的研究对象都是 十分复杂的生命体系。因此，都存在着分离分析的问题。例如，在蛋白质组学的研究中，细 胞中的蛋白质估计可能有5,000-10,000种，而目前2-DE所使用的IPG-DALT系统中，普通情 况下，分辨到3,000个点己是相当不错 (实际的分离能力为1,000-1,500个点)。在相互作 用组的研究中，有关模式微生物酿酒酵母的研究结果表明，真核生物是一个多蛋白复合体网 411 络，该研究用TAP方法标记了约1700个蛋白质，其中1143个与人类相关，经质谱分析鉴定 了232个蛋白质复合物和344个蛋白质可能的细胞功能。[3〕尽管这是一项相当出色的工作， 但还需要从不同的角度加以验证。再有，在代谢组研究中，我们面对的是由基因组和蛋白质 组等所决定的小分子生物活性物质的十分复杂的代谢网络，首先碰到的也是分离分析的问 题。实际的情况是，目前还没有一种或一类技术能够满足 “组学”对于分析的全部要求，这 已成为 “组学”研究的技术瓶颈。 三.色谱分析将会在 “组学”研究中发挥越来越大的作用 如上所述， “组学”研究对于分离分析提出了越来越多和越来越高的要求，其难度远远 超过了基因组学的要求。主要表现