猪精子黏合分子1(SPAM1)基因SNPs的搜寻、鉴别与其遗传变异研究.pdfVIP

330-l生冒动堑遗传直独硒塞进最 猪精子黏合分子1(SPAMl)基因SNPs的搜寻、 鉴别及其遗传变异研究+ 陈蓉蓉 陈从英 任军 丁能水艾华水 郭源梅麻骏武黄路生。 (江西农业大学江西省动物生物技术重点开放实验室，南昌，330045) 摘要精子黏合分子l(SPAMl)是一种在受精过程中起重要作用的精子抗原，本研究以10个中 外猪种的20个无相关公猪个体基因组DNA为模板，扩增猪SPAMI基因第二外显子、第四外显子和第 二内含子区域的3个DNA片段，经PCR产物直接测序并作序列比较分析，分别在第二内含子和第四外 猪种806个个体在M1223“位点中的遗传变异，结果仅在剑河白香猪、五指山猪、乐平花猪和杭猪中检 测到突变型个体，且突变型等位基因A的频率较低；其它5个地方猪种及全部4个外来猪种均表现为极 端的单态分布，只有GG基因型。 关键词猪；精子黏合分子1；SNPs 精子黏合分子1(sperm 的精子抗原。多数哺乳动物的精子进入卵母细胞时会遇到一个嵌入在富透明质酸胞外基质中的卵丘细 胞致密层，此卵丘细胞复合体，通常有3000个卵丘细胞，形成了一个精子在逼近卵时所必须穿过的屏 障…。SPAMl存在于顶体完整精子的质膜，具有透明质酸酶的活性，这对精子穿透包围在卵周围的卵 中国地方猪种资源丰富，繁殖特性差异极大，既有全球最高产的太湖猪，也有繁殖性能相对低下的 藏猪、五指山猪等，本文利用不同中外猪种无相关个体比较测序法，搜寻和鉴别猪SPAMI基因的单核苷 nucleotide 酸多态性(single 析猪SPAMI基因SNPs与繁殖性能的关联性，了解中国地方猪种繁殖特性的分子机理奠定工作基础。 1材料与方法 1．1实验材料 从民猪、八眉猪、莱芜黑猪、二花脸猪、杭猪、五指山猪、藏猪、皮特兰和大白猪等10个不同中外猪种 中分别选取2头无相关公猪个体的基因组DNA，用于猪SPAMl基因的扩增及比较测序分析。 L2实验方法 1．2．1 PCR扩增 根据GenBank数据库中已发表的SPAMl基因序列(accession PCR引物，分别扩增该基因的部分第2外显子、第四外显子和第二内含子片段(见表1)，引物由上海生 dNTPs， 工生物工程公司合成。PCR反应体系均为25山，其中含50ng基因组DNA，0．2wM引物，0．2¨M ●基金项目：奉研究由国家自然科学基金主任基金及973项目(G2000016102)资助。 作者简介；陈蓉暮(1978一)，女，磺士研究生，研究方向：分子遗传学 _联系作者：黄路生Emtil：hlda@publi＆nc．ix-cn盯Lh2．56@cam．虬uk Tris—HCI KCI，0-1％ 2．0mM Buffer(10mMpH8-4，50mM MgCl2，1UTaq酶(Sangon，上海)，1×PCR Tilton 45s，54。C45s，72℃60s，35 8rain。 X-100)。循环参数均为：94℃3min；94。C cycles；72。C 囊1．PeR引物 f：正向引物，r：反向引物 1．2．2SNPs的搜寻与鉴别 PCRPurification PCR产物经QIAquick Terminatorsv3．0 或双向测序。测序反应利用ABIPRISM’BigDyeTM Cycle Kit，按使用说明书 Sequencing 在ABI PRISM’3100遗传分析仪上进行(AppliedBiosystems，Foster 读时，较低峰的高度至少达较高峰高度的50