离散小波变换用于生物序列的相似性的研究.pdfVIP

第29卷增刊 分析测试学报 V01．29 FENXICESHI ofInstrumental NOV．2010 2010年11月 XUEBAO(JournalAnalysis) 离散小波变换用于生物序列的相似性研究 田元新1”，李占潮1，戴宗1，邹小勇1 (1．中山大学化学与化学工程学院，广东广州510275；2．南方医科大学药学院，广东广州510515) 摘要：该文将生物序列转化为数字序列，通过离散小波变换实现时域到频域的转化，设定阈值分别将各频 域信号转化为字符串序列，根据最大公共子序列定义序列匹配度，并将其作为相似性的测度。结合不同频域 层次序列的相似度全面考察生物序列的相似性。对蛋白质序列及基因编码序列的研究表明，该方法结合了小 波分析与知识发现的优点，为生物序列相似性研究开辟了新的思路。 关键词：离散小波变换；生物序列；最长公共子序列；匹配度 ofthe of Investigati