蒺藜苜蓿叶绿体微卫星分布规律的研究.pdfVIP

维普资讯 安徵农业科学。JournalofAnhuiAgn．Sci．2008，36(9)：3531—3534 责任编辑 方媛 责任校对 方媛 蒺藜苜蓿叶绿体微卫星分布规律的研究 骈瑞琪 ，李伟 ，李娜 ，陈晓阳 ，倪慧群2 (1．北京林业大学林木花卉遗传育种教育部重点实验室，北京 100083；2．华南农业大学林学院，广东广州 510642) 摘要 利用已公布的蒺藜苜蓿(Med／caotnmad~)叶绿体 DNA(cpDNA)全序列测序结果，应用生物信息学软件对蒺藜苜蓿微卫星位点的分 布情况进行了统计分析 ，结果表明：在已公布的124033bp的蒺藜苜蓿叶绿体基 因组序列中，共有431个SSR序列，ssR的碱基总数达 3987bp．约占整个基因组的3．2％；在所有SSR序列中，数量最多的是单碱基 SSR，数量达到297个，占总数的87．1％，其次是二碱基重复 序列，占12．6％，三碱基微卫星序列最少，仅有 1个，大于三碱基的微卫星数为O；在单碱基重复中又以A和 T重复为主，占单碱基重复总 数的84．5％，二碱基重复也以AT和 为主，占95、5％，单碱基中的纯粹重复类型 占总数的65、3％。研究结果为该物种的分子标记的筛 选提供了基础信息。 关键词 蒺藜苜蓿；叶绿体微卫星；分布规律 中图分类号 S188 文献标识码 A 文章编号 0517—661l(2008)09—03531—04 Dis／ributionof1Watwosateilitefrom Co~ leteSmueneeofMed／caotruncatu／aChloroplastDNA PIA-NIhli-qietal (KeyI~oratoryforGenetiesandBleediI壤ofForestTreesandOrnamentalPlants，MininstryofEducation，B~ijingForestryUnNe~i— ty，Beijing100083) Abstract Inordertodeveloptheuniversalchloroplastsimplesequencerepeat(cr~SSR)primerforL urnin0 plant，htepubliclyavailablechloroplast DNA esquenceofMedicao[runcatlllawaswasanaJyzde wihtbioinforn~ticssoftware．Theresearchcontentincludedhtebaundanceanddistributionofct~SR acrosshteMed／caotnmcatu／achloroplastgenome．Basedonhteinvestigationofmono-tohexa-nulecleotidesimplesequencerepeat(SSR)，3_41microsa~l— litaterepeat~quJolceswo．Aeobservde niwholechloroplastgenomicDNA sequence．About3．21％ ofhtechloroplastgenomicDNAwasoccupide bySSRs． whosetotallengthwas3987bp．1hedistributionofct~SSRwasveryuneven，mainlyconcentratednisonl~areaofla singlecopy(I25C)．Amongallofre— peatsequences，monocleotide repeatwashtemostabundant，wiht htenumberof297，whichwasaproportionof87．1％ ．Ⅱlesecondwasthedinucleotide ，43 (12．6％)．However，htetrinucleotiderepealswasm ，only1．Norepeatswhichcontaindemorethantrinucleotide repeatswereofund、1heporpotionofre— peatsequen~~wh ichwasc0mposedofAandTwas41．4％ nad55．6％，respect