桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析.docVIP

桑属ITS、trnL-F、rps16序列与进化分析 陈仁芳1,张 泽1,2，唐 洲2，余茂德1,徐 立1,王茜玲1 （1西南大学生物技术学院/农业部蚕桑学重点开放实验室，重庆北碚400715；2重庆大学农学及生命科学研究院,重庆 400030) 摘要：【目的】分析桑属ITS、trnL-F、rps16序列，探讨系统学价值。【方法】67份桑资源，经DNA提取、PCR扩增、测序，测序结果用软件拼接、比对，并从GenBank下载桑属ITS、trnL-F、rps16序列进行同源性分析，计算其长度、G+C（或A+T）含量、变异位点、信息位点，将3个序列合并，以构树、柘树为外类群，采用MP法分析进化关系。【结果】桑ITS（包括5.8S）基本序列长度为576 bp，变异范围为576—590 bp，G+C含量为59.55%—62.25%，40个信息位点；trnL-F（包括tRNA-Leu内含子）基本序列长度为923 bp，变异范围为920—924 bp，A+T含量为65.87%—66.31%，23个信息位点；rps16内含子基本序列长度为929 bp，变异范围为923—929 bp，A+T含量为67.28%—67.49%，17个信息位点。3个序列的最适碱基进化模型分别为（GTR+G）、（GTR)、（GTR+G），可能的分支概率—混合卡方概率值分别为0.000001、0.027175和0.000222，3个片段合并最适碱基进化模型为（GTR+G），基于模型用MP法分析，在2 538个位点中，有80个信息位点。分支图结果表明，首先将黑桑（M. nigra）分出，其它桑种分成2支，第一支包括长穗桑、瑞穗桑、蒙桑、鬼桑、鸡桑、山桑、白桑和广东桑，第二支包括华桑、奶桑和川桑。【结论】桑属trnL-F和rps16序列信息位点有限，单独研究桑属系统学，价值不大，与ITS序列合并研究，则能增加分支图的信息位点，使分支图更近于似然。基于ITS、trnL-F、rps16序列MP分支图，新疆黑桑为最原始类型，乌克兰等栽培种为进化类型。 关键词: 桑属；ITS、trnL-F、rps16序列；MP分析法；进化关系 Morus ITS, trnL-F, rps16 Sequence and Phylogenetic Analysis of Mulberry Resources CHEN Ren-fang1, ZHANG Ze1.2, TANG Zhou2, YU Mao-de1, XU Li1, WANG Xi ling1 （1 College of Biotechnology, Southwest University/Key Sericultural Laboratory of Ministry of Agriculture, Beibei 400716, Chongqing; 2The Institute of Agricultural and Life Sciences Chongqing University, Chongqing 400030） Abstract: 【】In this research ,we analyzed the sequences of MorusITS, trnL-F, and rps16, for the value of phylogeny.【Method】A total of 67 mulberry genotypes were analyzed (DNA extraction, PCR amplification, sequencing, software splicing, alignment, removing non-sequence bases, ing length and G+C (A+T) content, mutant sites and informative sites), then combining these three sequences. A cladogram, generated using MP, was built by using B. papyrifera and C. tricuspidata as outgroup. 【Result】Mulberry ITS (including 5.8S) the length of basic sequence is 576 bp, variation range of 576-590 bp, G+C 59.55%-62.25%, 40 informative sites; Mulberry rnL-F intergenic sequence (including the tRNA-Leu intron)，the length of ba