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欧拉超路法实现DNA测序纠错。
郑纬民，id,)1I，张华
救育部生物信息学重点实验室，北京，100084
清华大学计算机系，北京，100084
摘要t此文提出了欧拉超路法实现测序纠错，该方法将测序
数据映射成欧拉超路，并通过一种称为合并变换的等价变 此基础上，2001年将构造和求解欧拉道路的方法引
换．动态地对欧拉超路进行简化。通过一系列规则的限制和 入到基因拼接中较好地解决了拼接中的repeats问
引导．此过程不仅保持的数据的一致性．也把错误的边和正 题‘1】口1。该算法一个显著的特征是将寻找哈密尔顿
确的数据分离开，并且使得错误的边和正确的边对应起来， 道路问题转化为寻找欧拉路径问题，故可以在多项
再通过替换纠错过程，消除错误。 式复杂度下求解。论文中介绍了一组纠错算法
Euler-Correction，在进行构建de
关健词；纠错，序列拼接，DNA测序，欧拉超路，合并变 Bruijn图之前对测
换 序数据进行纠错，有较高的纠错率。
Euler
to
Eulerian Correct 思路，忽略质量数据．仅利用输入的一组reads数
SuperpathApproach
in
Error 据之间的覆盖关系进行纠错。该方法输出也是一组
ShotgunAssembly
Sequencing
Hua
ZheugWeimin，WangXlaochuan,Zhang
Science 100084．China
Computer TsinghuaUniv．Beijing Correction方法不能够处理测序中的以下错误情况，
Dept
Abstract：This anewerror 使得进一步提高纠错率存在困难：
paperbring correctingapproach
basedonEuler The the
which Superpath maps a．检测不到的错误。有时候，read上的一个测
approach
all it a
datato Euler
supeqⅪth，and by 序错误，使得包含错误后，前后相邻的局部序列，
sequencing simplify
In
transformationnamed Transformation
equivalent Merging 正好与其他片段上的子序列相同。这样错误就隐藏
a we witlIcITOrandsubstitute
such isolate
process．whilepaths
in
themwitherrorfree errorsthe 测到这种错误。这也是发生最多的纠错遗漏。
paths．corresponding
dam
eliminated b．无法纠正的错
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