基于生物医学文献的知识发现研究.pdfVIP

维普资讯 第 8 期 计算 机 技 术 与发 展 VO1．18 N 【1．2 2008年 2月 COMPUTER TECHNOl』)(Y AND nEVEU )PMENT Feb． 2008 基于生物医学文献的知识发现研究 黄凯峰 ，何洁月 (东南大学 计算机科学与工程学院，江苏 南京 210096) 摘 要：随着生物医药文献的快速积累，利用文本挖掘技术处理海量的科技文献 ，从而发现生命科学领域新的知识 ，已成 为当前数据挖掘和人工智能领域研究的热点。从Swanson最早提出基于生物医学文献的知识发现方法到现在 ，许多研究 人员投入到这个新兴的领域中。对基于生物医学文献的知识发现的研究内容、研究方法以及成果进行了系统的分析和阐 述 ，对不同的研究方法在文本挖掘过程中的优劣进行了比较 ，对基于生物医学文献的知识发现的发展趋势进行了展望。 关键词 ：生物信息学；基于文献的知识发现 ；文本挖掘；知识发现 中图分类号：TPI82：Q811．4 文献标识码 ：A 文章编号：1673—629X(2008)02—0062—04 SurveyofBiomedicineLiterature ‘BasedDiscovery HUANGKai—feng．HEJi~yue (SchoolofComputerScienceandEngineering，SoutheastUniversity，Naming210096，China) Abstract：W iththerapidaeetmaulationofbiomediealliterature．usingtextmining methodstoprocesshugeliteraturefordiscoveryofnovel scientificknowledgehasbeentheofciindataminingandartificialintelligenceresearchfields．AfterSwansonputofrwardtheliterautre— baseddiscovery，manyresearchersflungthemselvesintothisnew field． ispaperintroducedthesemethodsindetail。includingmainis． sues，accomplishmentnadcomparde thekeymethodsfrom textminingperspectively．Finally，severalchallenging researching problemsrae identified． Key ：bioinformatics；literature——baseddiscovery；textmining ；knowledgedicsovery O 引 言 多对人类有用 的知识，例如：鱼肝油可治疗雷诺式 信息技术的飞速发展 ，积累了海量的数据，例如， 症 J、蛋白质之间的相互作用力 J等。随着生命科学 当今世界上最大也是最权威的生物医学文献数据库 文献和注释性数据库的快速积累，相信通过文本挖掘 M旺lLINE就拥有超过 1200万篇的文献，并且仍以每 技术，更多的医学知识将会被发现。 年40万条记录的速度在增加。这么多的数据 ，已经超 笔者系统地综述了生物知识发现的一个重要研究 出了个人所能处理的限度。同时，如此多的文献资源， 领域，即基于文献的知识发现的定义和研究现状，对各 也为科研人员运用数据挖掘和文本挖掘技术 ，发现隐 主要方法