几种经济植物UFGT 基因的生物信息学分析.pdfVIP

基因组学与应用生物学，2010年，第30卷，第 1期，第 92—102页 GenomicsandAppliedBiology，2010，Vo1．30，No．1，92—102 数据分析 AnAnalysis 几种经济植物 UFGT基因的生物信息学分析 付海辉 0 辛培尧 1许玉兰 刘岩 ·韦援教 0 董娇 曹有龙 周军 1西南山地森林资源保育与利用省部共建教育部重点实验室，西南林业大学，昆明，650224；2宁夏农林科学院枸杞工程技术研究中心，银川， 750002 通讯作者，zhoujunbo@163．corn；youlongchk@163．com 摘 要 本文根据在GenBank中已登录的葡萄、玉米、水稻、草莓、拟南芥和苹果等植物的类黄酮一3—0一葡 萄糖基转移酶基因的核苷酸序列和氨基酸序列，应用生物信息学软件预测了其理化性质、疏水性 ／亲水性、 导肽、跨膜结构、卷曲螺旋结构、二级结构、功能结构域及高级结构，并构建了类黄酮一3—0一葡萄糖基转移酶 蛋 白家族的系统进化树。结果表明这几种植物的UFGT基因核苷酸序列除葡萄存在 2个外显子外，其它植物 均存在 1个外显子。含量最丰富的氨基酸是Leu、Ala、Gly、Val和 Ser等，除葡萄、苹果UFGT属于不稳定类 蛋白外，其余均属于稳定类蛋白。进一步研究分析表明，这几种植物UFGT蛋白存在明显的疏水区和亲水 区、信号肽、跨膜结构以及卷曲螺旋。二级结构组成上比例相似，并且都由Or．一螺旋、延伸链和无规则卷曲所 组成。它们都存在UDPGT、COG1819和MGT等保守域。除了拟南芥外，其它几种植物都能够通过同源建模 建立UFGT蛋 白的三维结构。进化分析表明，把它们的UFGT基因分成5个类群，其中3个大类群，另外陆地 棉和野芭蕉的UFGT基因分别单独成一类。本工作将为深入研究该蛋白在植物花、果实和叶片等器官颜色变 化中发挥的功能，开展生物大分子结构模拟以及药物设计提供抛砖引玉的作用。 关键词 UFG 生物信息学，同源建模，进化树 BioinformaticsAnalysisofUFGTGenefrom SeveralEconomicPlants FuHaihui。XinPeiyao XuYulan Liuran WeiYuanjiao。DongJiao CaoYoulong ZhouJun 1KeyLaboratoryforForestResourcesConservationandUseintheSouthwestMountainsofChina，Ministry ofEducation，SouthwestForestryUniver— sity，Kunming，650224；2CenterofChineseW olfberryEngineeringandTechnology，NingxiaAcademyofAgricultureandForestryScience，Yinchn an， 750002 Correspondingauthor，zhoujunbo@163．com；youlongchk@163．com DOI：10．3969／gab．030．000092 Abstract Inthispaper，thenucleicacidsequencesandaminoacidsequencesofflavonoid一3一O—glucosyltrans— ferasfromsixspeciessuchasVitisvinifera,Zeamays，Oryzasativa，Fragariaxananassa,Arabidopsisthalianaand Malus domestica,wereanalyzed by bioinformaticstools．Severalparametersofthese sequenceslogined in GeneBank，includingsequencescomposition，physicochemicalproperty，leaderpeptide，topologicalstructureof transmembraneregions，hydrophobicityorhydrophilicity，secondarystrucutres，functionaldomainsandprotein sturcutres，werepredicted．Phylogenetictreewasreconsturctedfortheflavonoid一3～O—glucosy—ltransferaseprotei