遗传标记与数量性状基因间连锁关系的分析LinkageAnalysisbetweenGeneticMarkersandaMajor.pdfVIP

遗传 HEREDITAS(Beijing)18(2):2i-241996 遗传标记与数量性状基因间连锁关系的分析① 姜长鉴 顾兴友 江（苏农学院农学系，扬州 225009) 摘 要 本文讨论标记基因与数量性状主基因连锁关系的一般分析方法，包括重组值的估计和有关遗传 假设的测验。并以我们水稻遗传试验中两个具有互补和重叠作用的卷叶基因和一个矮秆基因试验结果的 分析为例作了较详细的示范． 关健词 基因连锁，重组值，数量性状基因，遗传标记 LinkageAnalysisbetweenGeneticMarkersandaMajorGene foraQuantitativeTrait JiangChangjian GuXingyou (DepartmentofAgronomy,JiangsuAgriculturalCollege,Yangzhou225009) 遗传标记基因和质量性状基因间的连锁分析通常以多项分布函数为基础，重组值的极大似然估计在很多情况 下有明确解 ”〔．遗传标记基因和数量性状主基因的每一基因型组合，由于微效基因和环境条件的作用，在分离 世代呈现 或（经转换后近似于）连续的正态分布，不同基因型组合则呈具有不同平均数和相同方差的多个正态分 布的混合 4（-6,9)，相应连锁关系的分析必须以混合模型为基础，借助数值方法求解．本文详细讨论混合模型重 组值估计和有关假设测验的原理和方法，并以我们水稻遗传试验中一组资料的分析作示范说明其应用． 统计模型及分析方法 设一杂交组合的分离群体包括标记性状的分离，标记性状由单个或（几个）标记基因决定．同时有一个数量性 状，以Y表示，表现有主基因分离。设P“为标记性状基因与数量性状主基因型的分离比，i=1,,a,k=1,…, 6,i表示标记性状的表现型，k表示数量性状主基因的表现型，如F：群体k=2或3相应于一个位点的完全或不 完全显性模型．标记性状基因与数量性状主基因连锁关系的统计分析即为对分离比P,的‘分析。设微基因和环境 效应服从正态分布，分离群体标记性状与数量性状的联合分布为混合分布 5,〔6,9)，具似然函数： AY,）一EiEkP,kfk(Yj),%=1,...n ，（） nt样本容量，人表示平均数为；、‘方差为。：的正态分布． 混合模型的分析必须采用似然函数法． 1.1分离比的估计 设个体1属于标记性状的第i类型，数量性状的主基因型虽然不能由观察值Y确定，但其属于第k类型的可 能性以条件概率估计为： Wik，一Pik人(Y;)／千苍Pikfk(Yd (2) ①国家教委优秀青年教师基金资助项目． 22 遗 传 HEREDITAS(Beijing)1996 18卷 由此可估计分离比： 万＊一‘，E，七‘，／” (3) fH(2)(3)的计算依赖于p＊‘本身以及其他参数，分离比估计必须采用EM循环迭代法1［,EM的每一循环分大 两步。第一步由Pki,11k,，：的一组可（由目测给出的）初始值，代人2（)，计得w+k1。第二步由3（）式计 算户，‘同时估计其他参数： u＊一务w,kiyi／荟“＊， (4 a；一Ewkiiy(，一”k之)）z/Y-i.iwkii 5（ 以(3（）一5（)的结果作为相应的参数值进人下一循环。理论研究结果已经证明，以此循环迭代，各参数的估计值将 逐步收敛．收敛时的值即为参数的极大似然估计值③ ． 1.2标记性状基因与数量性状主基因的独立性测验 标记基因与数量性状主基因独立分离的统计假设可表示为：