实验二双序列比对分析.docVIP

实验三 双序列比对分析 实验目的 Tay-Sachs是一种常染色体隐性遗传疾病，它的起因是第15号染色体的等位基因HEXA突变。人类的HEXA基因在GenBank中的编号为“NM_000520”，小鼠的HEXA基因在GenBank中的编号为“AK080777”，它们是核苷酸序列，以这两条序列为例，学习双序列比对分析。 学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包有关核苷酸和蛋白质双序列比对的命令和功能。 学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包访问GenBank，并提取核苷酸和蛋白质序列数据的方法。 学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包制作核苷酸或蛋白质两条序列比对的点阵图的方法。 学习和掌握在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包进行核苷酸或蛋白质双序列的局部比对和全局比对的方法。 实验内容 在MATLAB平台上应用Bioinformatics工具包访问GenBank，提取核苷酸序列并转换为蛋白质序列。 ① 用“web”命令在MATLAB平台上打开NCBI网页。 web(/) web(/books/bv.fcgi?call=bv.View.. ShowSectionrid=gnd) ② 用“getgenbank”功能从GenBank中读序列信息到MARLAB humanHEXA = getgenbank(NM_000520) mouseHEXA = getgenbank(AK080777) 在MATLAB的workshop打开humanHEXA 和mouseHEXA查看其内容。 ③ 从GenBank中提取2条核苷酸序列后，首先要做的是用全局比对来寻找两条序列中的相似序列。因为进行蛋白质序列的比对更能体现其生物学本质，所以常常进行蛋白质序列的比对。用“nt2aa”功能可将核苷酸序列转换为蛋白质序列。 mouseProtein = nt2aa(mouseHEXA.Sequence); humanProtein = nt2aa(humanHEXA.Sequence,Frame,3); 在MATLAB的workshop打开mouseProtein 和humanProtein查看其内容。 核苷酸和蛋白质双序列比对分析 ⑴ 蛋白质双序列比对的点阵图。 寻找两条序列的相似部分序列的最简单的方法是做点阵图。 用“seqdotplot”功能制作mouseProtein 和humanProtein的点阵图。 seqdotplot(humanProtein,mouseProtein) ylabel(Human hexosaminidase A);xlabel(Mouse hexosaminidase A); 用上述命令作出的点阵图的特点不清楚，可以将命令稍加修改，图象特点将非常清楚。 seqdotplot(humanProtein,mouseProtein,4,3) ylabel(Human hexosaminidase A);xlabel(Mouse hexosaminidase A); 思考并完成：如果想做两条核苷酸序列的点阵图应该怎样进行？ ⑵ 应用Needleman-Wunsch 算法的蛋白质双序列全局比对。 应用“nwalign”功能对mouseProtein 和humanProtein两条蛋白质序列进行Needleman-Wunsch 算法的双序列全局比对。“showalignment”功能可以将比对结果以不同的颜色显示在“Help Browser”。 [score, globalAlignment] = nwalign(humanProtein,mouseProtein); showalignment(globalAlignment); 思考并完成：如果想做两条核苷酸序列的全局比对应该怎样进行？ 分析一下比对结果。 ⑶ 蛋白质双序列的局部比对。 ① 从Needleman-Wunsch 算法的双序列全局比对结果来看，mouseProtein 和humanProtein两条序列的最开始的540个氨基酸比对非常好，而其后的序列匹配不好。注意，在这一点有一个停止的符号“*”。试想，如果只对“*”前面的序列进行比对，那么比对结果的得分将会很高。我们用“find”命令寻找“*”标志的位置。 humanStops = find(humanProtein == *) mouseStops = find(mouseProtein == *) ② 分别截取两条蛋白质序列的前540个氨基酸组成新的局部序列。用“seqdisp”功能将组成的两条新序列显示在屏幕上。 humanSe