大豆质膜内在水孔蛋白的生物学功能预测.pdfVIP

ofAnhui 安徽农业科学，Joumal A面．Sci．2010，38(34)：封2一封3 责任编辑张志转责任校对张志转 大豆质膜内在水孔蛋白的生物学功能预测 王晓波，解天然，潘陈陈，华宿南 (安徽农业大学农学院，安徽合肥230036) 摘要[目的]利用生物信息学方法对大豆质膜内在水孔蛋白(GmPIP)的亚细胞定位、跨膜区、信号肽和磷酸化位点进行预测，为基因的功能研究提供参考。[方法]从干旱胁迫后 Version8．0、WoLFPSORT、cEL工0 Seiwer 的抗旱大豆品种晋豆21的叶片中克隆出岛沪俨基因，利用PsLpred、Protcomp v2．5等亚细胞预测工具进行亚细胞定位预测；利用TMHMM v．2．0进行蛋白跨膜区分析；利用NetPhos2．0 30Server程序进行信号肤分析。[结果]综合4种工具的预测结果表明，GmPIP蛋白包含6 Server进行磷酸化住点分析；利用SignalP 个跨膜区，亚细胞定位预测表明该蛋白位于细胞质膜上，发现该蛋白的第254个氨基酸是一个潜在的糖基化位点和13个磷酸化位．董，该蛋白没有明显的信号肤结构。[结论]利用 不同方法进行的生物信息学分析结果可相互验证，生物信息学可以对未知蛋白进行初步的功能预测，有助于确定后续试验的方向。 关键词大豆；生物信息学；大豆质膜内在水孔蛋白 中图分类号Q71文献标识码A 文章编号0517—6611(2010)34一封2—02 Predictionof FunctionofPIasmaMembrane in Biologiearl AquaporinsSoybean WANGXiao-boet of al(CollegeAgronomy，AnhuiAgdculturalUniversity，Hefei，Anhui230036) Abstract aimsto thesub—cellular and of membrane in [Objective]Thisstudy predict localization，Transmembrane，signalpeptidephosphopeptidesplasma aquaporinssoybean WaSclonedfrom 21．Softwarefofthewasusedsuchas GmPIP．【MethodIGm卿geFiesoybeaneultivar；indou prediction PSLpred，ProteompVersion8．0，WoLFPSORT．CELLO v2．5forsub—cellularlocalization．ProcedureTMHMM and were Serverv．2．0，NetPhos20Server 3．0Server usedto and SignalP predicttransmembrane．signalpeptidephos． are 6transmembranedomainsand13 in it was tolocalizeonthe No phopeptidesrespectively．[Result]There phosphopeptidesGmPIP，andpredicted plasmamembrane。andsig— nal was resultsofthebioinformatiesoffera forthefunction ofGmHP