高性价比寡核苷酸基因表达谱芯片的制备方法.pdfVIP

ChinMed 中国医药生物技术2010年2月第5卷第1期 Bioteehnol，February2010，V01．5，No．1 DOI：10．3969／emba．j．issn．1673—713X．2010．01．009 ·论著· 高性价比寡核苷酸基因表达谱芯片的 制备方法 任永红，张科，孙清岚，王亚辉，庄远红，张亮 【摘要】 目的 膜方式在硅基片表面原位合成25．mer长度的 探讨探针长度对寡核苷酸(Oligo)基因芯片杂交信 号的影响。 方法以大肠杆菌基因表达信息作为实验模型，根据已有大 方式在玻片表面合成60．mer长度的Oligo探针、 肠杆菌全基因组芯片数据选择覆盖高、中、低杂交信号强度 美国LCScience公司利用酸碱法在硅基片表面非 的20个大肠杆菌基因，针对该20个基因分别设计光刻掩膜合成Oligo探针等；第二种是离线方式 59．mer和70．mer长度Oligo探针，并将2种探针点制在 同一张芯片中，同时设阳性对照探针和阴性对照点样液。提 成仪合成Oligo探针，然后用芯片点样仪将Oligo 取大肠杆菌RNA，经过反转录、扩增、荧光标记后与芯片 探针精确点制到基片表面上。第一类芯片制备方式 进行杂交反应，采用激光共聚焦扫描仪扫描芯片，利用数据 需要复杂的设备、技术以及大量资金投入，只能由 分析软件提取探针的杂交信号值并进行显著性分析。 专门的实验室制备；第二种芯片制备方法需要的硬 rRNA和18S 件设备和操作技能都可以被一般的分子生物学实 结果大肠杆菌28S rRNA条带清晰，无降 验室所接受，并且点制芯片的制备方法是一个开放 解带出现，质量合格。芯片杂交结果显示59．mer和70．嗍 的平台，研究者可以根据自己的研究目的制备多种 长度探针的杂交效率和杂交信号差异无统计学意义(P= 0．9810)，阳性对照探针出现阳性杂交信号，阴性对照点样类型的基因芯片，非常适合实验室自行建立自己的 液未检测到杂交信号，符合质控要求。 基因芯片平台。 目前国际上一些商业芯片公司在点制芯片 结论59．rner长度探针可用来制备Oligo基因芯片，这不 的时候多用60一70一meg长度的探针，例如美国 仅降低了基因芯片制作成本，而且将推动基因芯片技术更为 的Operon公司(拥有包括人、大鼠、小鼠等多 普及的应用。 个物种的全基因组Oligo库，其探针长度通常为 【关键词】寡核苷酸序列分析； 寡核苷酸探针； 基 70．mer)。从Oligo探针的合成效率和合成难度角 因表达谱 度考虑，探针越长，单位价格越高。现今国内大多 www．crabp．net．cn 中国医药生物技术．2010,5(1)：38-43 数公司就是以60．met长度为界，探针合成价格相 差3倍，但目前还没有详细的关于60一mer长度以 随着人类基因组学研究的不断进展，基因芯片 上和以下探针对实验结果影响的研究报道。另外在 正逐步成为检测基因表达最强大的分子生物学技 检测基因表达时，由于原核生物的mRNA不含 术方法。根据