DD计算中的遍历理论模型及算法A.pdfVIP

DAD计算中的遍历理论模型及算法 李书超 1． 许 进 刘光武 李维德 (华中科技大学控制科学与工程系，武汉 430074) (华 中师范大学数学系，武汉 430079) (兰州大学数学系，兰州 7300o0) E-mail：listation@eyou．com 摘 要 该文源于DNA序列杂交先后顺序 的工程计算 问题。在杂交先后腰序 (SHB)问题 中，人们试 图想通过首先确定 在一个很长的DNA字符 串S中出现的 一长子 串来了解整个原始的字符 串S，通过研究 一长子 串的重叠模式来重新构 造原始的字符串S。该文将SHB问题转化为具体的图论问题 。根据 图及其线 图的关系，部分解决了上述SHB问题的等价 形式，即在有向线图顶点的入度和出度不超过2的情形下，用遍历理论为SHB问题建立了数学模型，从而能在多项式时 间内找到有向线图的哈密顿路或圈。文章最后 ，指 出了须进一步研究的问题。 关键词 DNA计算 杂交先后顺序 遍历理论 文章编号 10o2—833I一(20o3)I3—0oI9加3 文献标识码 A 中图分类号 TPI8 TransversalTheoreticModelwith ItsAlgorithm in DNA Computing LiShuchao· XuJin LiuGmmgwu LiWeide3 。(DepartmentofControlScienceandEngineering，HUST，Wuhna 430074) (DepartmentofMathematics，CentralChinaNormalUniversity，Wuhna 430079) (DepartmentofMathematics，LanzhouUniversity，Lanzhou730000) Abstract： Thiswork grewsoutofa computationalproblem thatarises in a technology called DNA sequencing by hybrdization (SBH)．Insequencing，byhybridization，oneattemptstoleanhteentireseuqenceofalongDNA stringSby firstdetermining which k——length substrings occur in S．Th rough investigating hte overlap pattems ofhte k——length substrings，one can reconstructhteoriginalstring．Ourmehtod in htispaperisto transfomr hte SHB problem into hte graph theoryproblem，which isconcretenad clear．Withtherelationship between graph nad itsline-graph。writersexploit themahtematicalmod eloftransversal hteory ofrSHB．Th ey setup htealgorihtm tO obtain hte optimalsolution ofrhte Hamihonianpath (ortour)，whichisofrhtecasethatevery nodeSout-degreenadin-degreenolesshtna 2，itisalos hte euq ivalentofmr ofr hte BSH problem．Th e paper naalyzeshte complexity ofr hte algorihtm，athte end itgives problem ofrfurtherexplorting． Keywor