Weihong Xu11122008Boston, MA.ppt

下载文档

13
0
约 42页
2017-08-10 发布于甘肃
举报
版权申诉
保障服务

Weihong Xu11122008Boston, MA.ppt

1、原创力文档（book118）网站文档一经付费（服务费），不意味着购买了该文档的版权，仅供个人/单位学习、研究之用，不得用于商业用途，未经授权，严禁复制、发行、汇编、翻译或者网络传播等，侵权必究。。
2、本站所有内容均由合作方或网友上传，本站不对文档的完整性、权威性及其观点立场正确性做任何保证或承诺！文档内容仅供研究参考，付费前请自行鉴别。如您付费，意味着您自己接受本站规则且自行承担风险，本站不退款、不进行额外附加服务；查看《如何避免下载的几个坑》。如果您已付费下载过本站文档，您可以点击这里二次下载。
3、如文档侵犯商业秘密、侵犯著作权、侵犯人身权等，请点击“版权申诉”（推荐），也可以打举报电话：400-050-0827(电话支持时间：9:00-18:30)。

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * apt-probeset-summarize Syntax apt-probeset-summarize –a rma-sketch [–a dabg] –c chip.clf –p chip.pgf –b chip.bgp –o outpath –m chip.mps [–kill-list chip.kil] *.CEL Parameters -a, analysis method Chipstream format: a comma separated list of transformations with specific parameters passed as key value pairs, e.g. rma-bg,quant-norm.sketch=-1.usepm=true.bioc=true,pm-only,med-polish Predefined method: rma-sketch, dabg, rma, plier etc --kill-list: needed when the analysis involves gc-bg Windows: using ‘—cel-files filename’ instead of *.CEL 11/12/2008 Glue Grant H1 Analysis Tutorial * apt-probeset-summarize (2) Background correction gc-bg rma-bg Mas5-bg Pm-gcbg Pm-mm Normalization Quant-norm Med-norm Summarization Plier/iter-plier Median polish (RMA) DABG Median No Li-Wong yet 11/12/2008 Glue Grant H1 Analysis Tutorial * ExamplesLowLevelAnalysis/bns.bat PSR rma-sketch and dabg analysis apt-probeset-summarize -a rma-sketch -a dabg -c hGlue1_0.r3.clf -p hGlue1_0.r3.pgf -b hGlue1_0.r3.antigenomic.bgp --qc-probesets hGlue1_0.r3.qcc -s hGlue1_0.r3.PSR.ps --qc-probesets hGlue1_0.r3.qcc -o BNS/PSR --cel-files CELlist.txt --kill-list hGlue1_0.r3.kil TC (transcription cluster) Meta Probe Set rma-sketch or chipstream apt-probeset-summarize -a rma-sketch -a quant-norm.sketch=50000,pm-gcbg,iter-plier -c hGlue1_0.r3.clf --p hGlue1_0.r3.pgf -b hGlue1_0.r3.antigenomic.bgp --qc-probesets hGlue1_0.r3.qcc -m hGlue1_0.r3.TC.mps -o BNS/TC --cel-files CELlist.txt --kill-list hGlue1_0.r3.kil Compute U133Plus2 probe Set apt-probeset-summarize -a rma-sketch -c hGlue1_0.r3.clf --p hGlue1_0.r3.pgf -b hGlue1_0.r3.antigenomic.bgp --qc-probesets hGlue1_0.r3.qcc -m hGlue1_0.r3.U133plus2.mps -o BNS/u133plus2 --cel-files CELlist.txt Compute Human Exon ST1.0 Transcript Cluster apt-probeset-summarize -a rma-sketch -c hGlue1_0.r3.clf --p hGlue1_0.r3.pgf -b hGlue1_0.r3.antigenomic.bgp --qc-probesets hGlue1_0.r3.qcc -m hGlue1_0.r3