6种鸡形目和雁形目禽类Mx蛋白编码基因的适应性进化.pdfVIP

第 3l卷 第 3期 家畜生态学报 Vo1．31No．3 2010年 5月 ActaEcologiaeAnimalisDomastici May2010 ∥‘。 。。 ‘。 。。 ‘ 5科学研究 2 ． ．o ．。 ．。 ． 6种鸡形目和雁形目禽类Mx蛋白编码基因的适应性进化 李慧芳，韩 威，朱云芬 ，束婧婷，陈宽维，张学余 (中国农业科学院家禽研究所 ，江苏 扬州 225003) [摘 要] 为进一步 了解禽类Mx基 因(myxo-virusresistancegene)进化历程，结构与功能 变异及筛选新的潜在抗性位点。根据 GenBank中已报道的 6种鸡形 目(galliform )和雁形 目(anseriforrn)禽类MX基因编码序列 ，联配后进行最适核苷酸替代模型筛查，序列重组事 件和核苷酸替换的饱和性检验 ；并采用最大似然法检测各位点承受的选择压力。AIC信息量 准则检验结果表明6种鸡形 目和雁形 目禽类 Mx基 因的最优核苷酸替代模型为 “GTR+G”， 核苷酸替换的饱和性检测结果表 明序列的核苷酸替换并未饱和。单一断裂点(singlebreak— point)和遗传算法扫描 (GARD)在联配序列 中发现两个断裂点 ，分别位于 162bp和 999bp处， 将联配序列分为3个独立非重组部分。密码子置换模型的 “位点特异模型”检测到禽类 Mx基 因编码序列承受了正选择作用，似然 比检验 (LRT)确定模型M2a和 M8为正选择位点优先检 测模型(P0．05，P0．01)，分别在 3部分非重组序列中检测到4个、1个和3个后验概率 大于 95 的正选择位点，正选择位点主要分布于禽类 Mx蛋白特有的N一端结构域和 Mx蛋 白 抗病毒作用所必须的三联 GTP酶结合 区，可能与Mx蛋 白的抗病毒活性有关。 [关键词] 禽类；抗粘液病毒基因；密码子置换模型；适用性进化 [中图分类号] $811．5 [文献标识码] A [文章编号] 1004—5228(2010)03—0010—05 了解抗病基因的进化过程及推动这些抗病基因 Ko等 。发现当鸡 Mx基 因第 631位的氨基酸为 遗传变异的规律 ，对筛选新 的抗病基因和提高抗病 天冬酰胺 (Asn)时，该 Mx蛋 白对流感病毒和 VsV 育种效率都有十分重要的意义 。非 同义一同义置换 病毒有抗性 ，而当第 631位氨基酸由Asn替换为丝 速率比值 (∞一dN／dS)是基于密码子水平分析编码 氨酸时则无抗性 。本文在 GenBank提供 的丰富基 基因适用性进化的重要测度 ，ct，=1、1和1分别 因组数据的基础上 ，运用生物信息学方法分析 6种 表示中性进化 、净化选择和正选择作用 (适用性进 禽类 Mx蛋 白编码基因的适应性进化 ，为进一步了 化)_1j，该方法在分析繁殖性能相关基因和抗病性相 解禽类 Mx蛋 白进化历程、结构与功能变异及筛选 关基因的适应性进化 中被广泛采用 ]。 基因 出新的潜在抗性位点提供理论依据。 (rnyxo—virusresistancegene)，即抗粘液病毒基因， 1 材料与方法 经 I型干扰素 (IFN—a／8)、双股 RNA或病毒诱导可 产生抗病毒 Mx蛋白，具有广谱的抗病毒作用 ]，而 1．1 序列来源 且是 目前发现 的唯一具有抗禽流感病毒作用 的基 序列数据来源于 GenBank中已提交 的分布于 因。人[6]、哺乳动物口]、鱼类L8]都发现有 Mx蛋 白。 欧洲、亚洲和美洲的 l0个鸡品种 (品系)及 5类其它 与哺乳动物相 比，禽类的 Mx蛋 白研究相对较少。 鸡形 目(galliform )