基于压缩感知预测凋亡蛋白亚细胞位点.pdfVIP

第 34卷 第 1期 北京生物 医学工程 Vo1．34 NO．1 2015年 2月 BeijingBiomedicalEngineering February 2015 基于压缩感知预测凋亡蛋 白亚细胞位点 石 雪娜 王瑞平 摘 要 目的 蛋白质的亚细胞位点信息有助于了解蛋白质的功能，同时还可以为新药物的研发 提供帮助。方法 在本研究中，采用压缩感知算法对凋亡蛋 白的亚细胞位点进行分类。结果 经过在 2个 常用的数据集上使用 Jackkniof测试 ，在 ZD98数据集上取得了90．6％的预测准确率，在 ZW225数据集 上取得了87．3％的准确率。结论 实验结果表 明压缩感知算法对 已凋亡蛋 白的亚细胞定位研究效果 良 好，且避免了特征提取的过程 。 关键词 凋亡蛋 白；亚细胞位点 ；压缩感知 DOI：10．3969／j．issn．1002—3208．2015．O1．13． 中图分类号 R318；Q51 文献标志码 A 文章编号 1002—3208(2015)01—0070—05 Prediction ofapoptosisprotein subcellularlocationbased on compresslvesensing SHIXuena，W ANG Ruiping SchoolofComputerandInformationTechnology，BeiiingJiaotongUniversity，Beng 100044 【Abstract】 ObjectiveTheinformationofproteinsubcellularlocationhelpsUStounderstandprotein function andtodesignnew drugs．M ethodsInthispaper，compressivesensingalgorithm isadopted toclassify protein subcellularlocation．ResultsByJackknifetestondatasets，ouroverallaccuraciesforZD98andZW 225 are90．6％ and87．3％ respectively．ConclusionsTheeffectofcompressivesensingalgorithm issignificantto classify apoptosisprotein subcellular location． And compressive sensing can avoid the processoffeature extraction． 【Keywords】 apoptosisprotein；subcellularlocation；compressivesensing 细胞凋亡 (apoptosis)，又称为程序化细胞死 0 引言 亡 ，它涉及一系列基 因的激活、表达 以及调控等作 蛋 白质是构成细胞 的主要成分，其在细胞 内的 用 。在细胞 内的死亡程序激活后 ，正常细胞 的死 分布状况称为蛋 白质的亚细胞位点。亚细胞位点信 亡或者一些病态细胞 的 自毁 ，是受高度调控 的一 息有助于理解蛋白质在代谢过程中所起 的作用 。 种生理性细胞死亡 。细胞凋亡在生物体的生长发 虽然蛋 白质 的亚细胞位点可 以通过实验方法确 育及新陈代谢 中起着非常重要的作用 。因此 定 ，但是实验方法耗时、费用 昂贵 ，而且难以适应 研究细胞凋亡对