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基于压缩感知预测凋亡蛋白亚细胞位点.pdf
第 34卷 第 1期 北京生物 医学工程 Vo1.34 NO.1
2015年 2月 BeijingBiomedicalEngineering February 2015
基于压缩感知预测凋亡蛋 白亚细胞位点
石 雪娜 王瑞平
摘 要 目的 蛋白质的亚细胞位点信息有助于了解蛋白质的功能,同时还可以为新药物的研发
提供帮助。方法 在本研究中,采用压缩感知算法对凋亡蛋 白的亚细胞位点进行分类。结果 经过在 2个
常用的数据集上使用 Jackkniof测试 ,在 ZD98数据集上取得了90.6%的预测准确率,在 ZW225数据集
上取得了87.3%的准确率。结论 实验结果表 明压缩感知算法对 已凋亡蛋 白的亚细胞定位研究效果 良
好,且避免了特征提取的过程 。
关键词 凋亡蛋 白;亚细胞位点 ;压缩感知
DOI:10.3969/j.issn.1002—3208.2015.O1.13.
中图分类号 R318;Q51 文献标志码 A 文章编号 1002—3208(2015)01—0070—05
Prediction ofapoptosisprotein subcellularlocationbased
on compresslvesensing
SHIXuena,W ANG Ruiping
SchoolofComputerandInformationTechnology,BeiiingJiaotongUniversity,Beng 100044
【Abstract】 ObjectiveTheinformationofproteinsubcellularlocationhelpsUStounderstandprotein
function andtodesignnew drugs.M ethodsInthispaper,compressivesensingalgorithm isadopted toclassify
protein subcellularlocation.ResultsByJackknifetestondatasets,ouroverallaccuraciesforZD98andZW 225
are90.6% and87.3% respectively.ConclusionsTheeffectofcompressivesensingalgorithm issignificantto
classify apoptosisprotein subcellular location. And compressive sensing can avoid the processoffeature
extraction.
【Keywords】 apoptosisprotein;subcellularlocation;compressivesensing
细胞凋亡 (apoptosis),又称为程序化细胞死
0 引言 亡 ,它涉及一系列基 因的激活、表达 以及调控等作
蛋 白质是构成细胞 的主要成分,其在细胞 内的 用 。在细胞 内的死亡程序激活后 ,正常细胞 的死
分布状况称为蛋 白质的亚细胞位点。亚细胞位点信 亡或者一些病态细胞 的 自毁 ,是受高度调控 的一
息有助于理解蛋白质在代谢过程中所起 的作用 。 种生理性细胞死亡 。细胞凋亡在生物体的生长发
虽然蛋 白质 的亚细胞位点可 以通过实验方法确 育及新陈代谢 中起着非常重要的作用 。因此
定 ,但是实验方法耗时、费用 昂贵 ,而且难以适应 研究细胞凋亡对
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