数据挖掘技术在DNA序列分割中的应用.pdfVIP

第 6 期 邱洪君等: 数据挖掘技术在 DNA 序列分割中的应用 ·23 · 数 据 挖 掘 技 术 在 DNA 序 列 分 割 中 的应 用 * 邱洪君, 毛国君, 罗春雨 ( 北京工 业大学 计算机学院 北京市 多媒体与智能软件 重点实验室, 北京 100022) 摘 要: DNA 序 列分割作 为 DNA 序 列 分析 中的一部 分正 受到越 来越 多人 的关注, 引入 数 据 挖掘 技术 是提 高 DNA 序列 分割有 效性 的一个重要途径 。全面综述 了 目前数 据 挖掘 技术在 DNA 序 列分割 中的应 用, 最后 指 出 了 尚待 解决 的问题 。 关键 词: 数 据挖掘; 序 列分割; DNA 序 列 中图法分 类号 : TP311 文献标识码 : A 文章编号 : 100 1- 3695( 2006) 06- 0023- 03 Data Mining Technology for DNA Sequence Segmentation QIU Hong-j un, MAO Guo-j un, LUO Chun-yu ( Beijing Municipal Key Laboratory of Multimedia Intelligent Software Technology, College of Computer Science Technology, Beijing Univer- sity of Technology, Beijing 100022 , China) Abstract: As an important part of DNA sequence analysis, DNA sequence segmentation is becoming a hot problem. Using data mining technology is a useful way to improve the effect of the segmentation. This article introduces the situation of the ap- plication at present, and points out the unsolved question. Key words: Data Mining; Sequence Segmentation; DNA Sequence 1 引言 2 DNA 序列分割的研究现状与发展 生物信息学( Bioinformatics) 是生命 科学领 域 中的新 兴学 2. 1 DNA 序列数据库的建立为研究提供数据支撑 科, 广义地说, 生物信息学就是对相关生物信 息的获取、加工、 比较著名的 DNA 序列数据 库有 GenBank, EMBL 和 DDBJ 储存、分配、分析和解释等 。生物信息学的大量研究集 中在对 等 [ 2] 。GenBank 的原 型系 统 最早 由 Walter Goad 设计 ( 1979 DNA 数据分析上, 其 中重要的一个关注 点就在 DNA 序列的研 年) , 现在 由美 国国家生物 技 术 中心 ( NCBI) 管 理; EMBL 和 究。具体地说, 生物信息学就是把 DNA 序列信息作为源头, 找 DDBJ 分别 由欧洲分子 生物 学 实验 室和 日本 建成 。GenBank, 到基因组序列中代表蛋 白质和 RNA 基因的编码区, 同时阐 明 EMBL 和 DDBJ 现在 已组成 国际核苷酸序 列数据库合作体, 每