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求最长子串.doc
求最长子串
AAAGGCCCGTTCGG
AGGCCCGCTTCG
第一部分：简介
1.1问题描述：
Longest Common Substring. The following are some instances.
X: xzyzzyx Y: zxyyzxz
X:MAEEEVAKLEKHLMLLRQEYVKLQKKLAETEKRCALLAAQANKESSSESFISRLLAIVAD
Y:MAEEEVAKLEKHLMLLRQEYVKLQKKLAETEKRCTLLAAQANKENSNESFISRLLAIVAG
1.2 用于验证程序的方法：
我们用以下C++程序来验证程序
int main ()
{
string str1 = xzyzzyx;
string str2 = zxyyzxz;
LCSub sample1(str1, str2);
cout The LCSub of the endl
string str1 endl
and endl
string str2 endl
is: endl
sample1.GetLCSub() \n\n\n;
string str3 =
MAEEEVAKLEKHLMLLRQEYVKLQKKLAETEKRCALLAAQANKESSSESFISRLLAIVAD;
string str4 =
MAEEEVAKLEKHLMLLRQEYVKLQKKLAETEKRCTLLAAQANKENSNESFISRLLAIVAG;
LCSub sample2(str3, str4);
cout The LCSub of the endl
string str3 endl
and endl
string str4 endl
is: endl
sample2.GetLCSub() \n\n\n;
return 0;
}
第二部分：数据结构
首先我们设计一个动态二维数组类，提供长度可动态定义的类静态二维数组的方法。
//动态二维数组
template class T
class Matrix {
public:
Matrix(int row, int col)//构造时必须定义有效的行数和列数
{
if (row=0 || col=0)
exit(0);
ROW = row;
COL = col;
matrix = new T[row*col];
}
~Matrix()
{
delete[] matrix;
}
T GetValue(int m, int n)//相当于Matrix[m][n]，注意越界
{
if (m0 || m=ROW || n0 || n=COL)
exit(0);
return matrix[m*COL+n];
}
void SetValue(int m, int n, T value)//相当于Matrix[m][n],注意越界
{
if (m0 || m=ROW || n0 || n=COL)
exit(0);
matrix[m*COL+n] = value;
}
public:
T *matrix;
int ROW;
int COL;
};
类LCSub，通过GetLCSub得到两个串的最长公共子串，其中两个串必须在构造函数时作为参数传入。VALUEtable用于记录中间数据。
class LCSub {
public:
LCSub(string string1, string string2);
~LCSub();
string GetLCSub();//得到最长公共子串
private:
LCSub();
string str1;
string str2;
Matrixint *VALUEtable;
};
第三部分：算法细则
算法思想：利用类似求LCS的思路，我们很容易设计出最长公共子序列的算法。同样，我们利用一个M*N（M=string1长度+1，N=string2长度+1）大小的表格。考虑到子串字符是连续的，在填表时，我们可以根据以下递归式来填：
VALUEtable[i][j]=
(1)0 当i=0 或 j=0
(2)VALUEtab
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