HSV-2的生物信息学分析及其Oligo探针设计.pdfVIP

山东医药! 年第= 卷第9 期 ’()$! 的生物信息学分析及其*+,-. 探针设计 ! 赵海全，马文丽 ，莫小阳，张亚莉，郑文岭 （南方医科大学基因工程研究所，广东广州## ） / / 【摘要】/ 目的/ 设计单纯疱疹病毒! 型（’()$! ）诊断芯片的*+,-. 探针。方法/ 利用012(3 软件对’()$! 的452 序列进行序列比对，得到有意义的特异序列；用生物学软件*+,-.67 设计特异性高、38 值相近、长度均一 的*+,-. 探针。结果/ 获得#9 条6$8:; *+,-. 探针。结论/ 利用012(3 系统和生物学软件*+,-.67 设计’()$! 诊断芯片的探针，可为后期打印成452 芯片，用于’()$! 的检测打下基础。 【关键词】/ 单纯疱疹病毒! 型；生物芯片；*+,-. 探针；012(3 软件 【中图分类号】 / ==6/ / 【文献标识码】/ 2/ / 【文章编号】/ #!$!66（! ）9$!#$! !#$%’$ ：*?@:AB,C: ：3. D:E,-F .+,-.FGA+:.B,D: H;.?:E I.; 8,A;.J;;JK D:B:AB,.F .I ’()$! C,;GE7 L:BM.DE：0K JFJ+K$ N,F- BM: 452 .I ’()$! O,BM 012(3 H;.-;J8 ，J -;.GH .I EH:A,I,A E:PG:FA:E I.; BM: AJFD,DJB: H;.?:E OJE JAPG,;:D7 *+,$ -.67 E.IBOJ;: OJE JHH+,:D B. JFJ+KN: BM: AJFD,DJB:E B. E:+:AB BM: H;.?:E O,BM M,-M EH:A,I,A,BK ，,D:FB,AJ+ +:F-BM JFD E,8,+J; 8:+B,F- B:8H:;JBG;: （38 ）7 :EG+BE ：#9 .+,-.FGA+:.B,D: H;.?:E O:;: D:E,-F:D7 Q.FA+GE,.F ：*+,-.FGA+:.B,D: H;.?:E AJF ?: D:E,-F:D O,BM 012(3 H;.-;J8 JFD *+,-.67 E.IBOJ;: ，JFD?:A.8: J I.GFDJB,.F I.; D:H.E,B,F- .F 452 AM,HE JE BM: 8,$ A;.J;;JK I.; ’()$! D:B:AB,.F7 ()* +,%-# ：’()$! ；?,.AM,H ；.+,-.FGA+:.B,D: H;.?: ；?JE,A +.AJ+ J+,-F8:FB E:J;AM B..+ / / ! 年6 R S 月，我们根据T:F0JFU 数据库中 Y 解链温度（38 值）应接近 S [ ，上下波动 的生物信息，利用美国国家生物技术信息中心 #[ ； 避免单一碱基连续重复 次以上； 探针 $ % （5Q0V ）中的012(3 免费分析软件找出单纯疱疹 分子内部互补碱基少于6?H ； 每个探针与非靶基 病毒! 型（’()$! ）的保守序列及型特异性序列，利 因的相似性必须\ ZY ，探针连续同源的碱基数 用生物学软件 *+,-.6 7 设计长度均为6$8:; 的 #S 个。对备选探针进行筛选时，各种参数尽量控 *+,-. 探针。现报告如下。 制在最佳范围，以保证打印在同一张芯片上的探针 #/ 材料与方法 在相同的杂交、清洗条件下得到最佳的杂交效果。 #7 #/ 材料/ 5Q0V T:F0JFU 中’()$! 的452 全长 !/ 结果 序列；5Q0V 开发的免费生物信息学检索软件012$ / / ’()$! 保守序列及型特异性序列将’()$! 的 (3 ；生物学软件*+,-.6 7 。 W非编码区、9 W非编码区及结构