2.生物信息学数据库.ppt

/ MicroRNA Database / /microrna/home.do 显示分子结构（RasMol ， ChemView ） RasMol :Molecular Visualization Freeware for proteins, dna and macromolecules. 蛋白质结构数据库 PDB 蛋白质结构数据库，搜集由X射线衍射和核磁共振实验测定的生物大分子三维结构数据。 /pdb/ /pub/pdb/ NRL-3D(The NRL-3D database has been replaced with PDB.) 三维结构已经确定的蛋白质序列库，可以将新蛋白序列与库中序列比较，以判断是否与结构已知的蛋白质相似。 /pirwww/dbinfo/nrl3d.html /pir_databases/other_databases/nrl_3d/ /pdb/home/home.do PDB（protein data bank） ⑴ 目前最主要的蛋白质分子结构数据库； ⑵ 1970年代建立，美国Brookhaven国家实验室维护管理; ⑶ 1988年，由美国RCSB(research collaboratory for structural biology)管理； ⑷ 以文本格式存放数据，包括原子坐标、物种来源、测定方法、提交者信息、一级结构、二级结构等； ⑸ PDBsum数据库：PDB注释信息综合数据库，具有检索、分析、可视化的功能。 PDB的网址：/pdb(美国) PDBsum的网址：http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/pdbsum PDB中含有通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构 蛋白质 核酸 糖类 其它复合物 PDB（Protein Data Bank） 隐式序列信息（ implicit sequence ） PDB的隐式序列即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。 显式序列信息（explicit sequence） 在PDB文件中，以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息。 /pdb/home/home.do 5.蛋白质结构分类数据库 SCOP (Structural Classification of Proteins) CATH (Class, Architecture, Topology, Homology) PFAM (database of protein families and domains) 蛋白质结构分类数据库 SCOP 蛋白质结构分类数据库，对已知蛋白质三维结构进行手工分类得到的数据库。 1.65 release，December 2003 http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ CATH 蛋白质结构与功能分类数据库。按Class（类别）、Architecture（构架）、Topology（拓扑）以及Homologous superfamily（同源超家族）把蛋白质结构域分四类。提供到PDB总结文件和OWL库的超链接。 Version 2.5.1: Released January 2004 http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/ ftp://ftp.biochem.ucl.ac.uk/pub/cathdata/v2.5.1 SCOP（Structural Classification of Protein） 英国医学研究委员会分子生物学实验室和蛋白质工程中心开发的基于web的蛋白质结构数据库分类、检索和分析系统； SCOP的网址：http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ SCOP数据库 ( http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/）的目标是提供关于已知结构的蛋白质之间结构和进化关系的详细描述，包括蛋白质结构数据库PDB中的所有条目。 SCOP数据库除了提供蛋白质结构和进化关系信息外，对于每一个蛋白质还包括下述信息：到PDB的连接，序列，参考文献，结构的图像等。 可以按结构和进化关系对蛋白质分类，分类结果是一个具有层次结构的树，其主要的层次是家族、超家族和折叠: (1)家族：具有明显的进化关系 (2)超家族：具有远源进化关系，具有共同的进化源 (3)折叠类：主要结构相似 http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/sco