基于生物组学omics的免疫功能基因的发现.pdfVIP

基于生物组学(一omics)的免疫功能基因的发现 吴龙妍，张建，田志刚。(山东大学药学院，免疫药理与免疫治疗学研究所，济南250012) 摘要：目的从基因组学、蛋白质组学和转录组学角度，对目前基于生物组学(一omics)发现免疫学新功能基因的方法进行综述。 方法参阅近年来国内外有关综述进行总结，并对现有常用方法进行比较和评价。结果 现有一些成型的实验方法用于免 疫功能基因的发现，经典的实验方法不断得到改进，新的实验手段也取得显著的成果。结论 生物信息学方法占主流地位， 但以实验为基础的差减杂交和杂交核酶技术也显示出其优势。 关键词：功能基因；基因组学；蛋白质组学；转录组学；免疫功能 中图分类号：Q756 文献标识码：A 文章编号：1001—2494(2006)21—1609—04 最初人们发现新基因的方法是先发现功能蛋白，然后克 序的完成和转录图谱的完善，单纯用EST拼接的方法克隆薪 隆其基因，但这种传统路线已经很难发现新的低丰度的生物 基因的价值远不如以前。 活性分子。随着基因组序列的完成，人们发现可编码蛋白质 许多学者结合EST图谱和RH图谱，通过种属间的比较 J、人． 的基因数目(3—4万个)与人体实际的蛋白质数目(10万基因组学绘制高精确度的比较RH图谱，如人一牛b der 个)相差甚远，提示仅根据基因的一级序列无法找出所有的 鼠l6[、人．马【7J等比较图谱。Everts．vanWind等在已建立的 功能蛋白。即使针对可能的3—4万个编码基因进行一对一 牛．人比较图谱基础上，利用牛EST针对图谱的盲区，构建更 的功能蛋白的寻找，在时间和财力的投入上亦无法想象。随 加精确的第2代5000拉德的牛基因组RH图谱。添加了共 913，利用与人基 着生物信息学的发展、各种基因组(genomics)图谱越加完善870个靶标记，使RH5000嵌板上标记数达到1 因序列相配对的同源序列绘制出牛一人比较图谱，其中195个 和精确、各种基因转录组(transcriptomics)文库越加丰富，各种 保守片段被鉴定出来，31个为新发现保守片段…8。新的图谱 蛋白质组(proteomics)的方法和数据的积累越来越多，形成了 多途径、全方位、海量数据为特点的、体外和体内功能相结合 不仅提供了更详尽的哺乳动物染色体进化的信息，而且用来 的“生物组学(．omics)”研究途径。 鉴定候选基因有十分经济的特点，是利用种属问信息完善多 1基因组学(genomics) 物种基因组图谱很好的方法。 在基因组学角度寻找新的功能基因可以分为两个层面： ①用已知基因的保守片段、表达序列标签(e](pressed 直系同源物指物种进化过程中起源于同一共同祖先而 sequ【ence 在不同物种的基因的同源序列，例如人与鼠的p球蛋白可称 tags，EST)等与基因文库中的序列进行对比，寻找相似序列， 再对该序列进行分析；②利用计算机在基因组文库中寻找可 为直系同源物。旁系同源物是在同一物种内由于基因复制 能的基因读码框序列，然后对其进行各种验证…1。 而得到的同源序列，例如人的廿和阻球蛋白。基因的同源性 1．1从精确图谱中找基因 为我们由已知基因寻找可能存在的相似基因提供了方便的 1．1．1辐射性杂交(radiationhybrid，RH)RH图谱是继荧光原线索。同源基因的生物信息预测方法主要有两类：序列比对 位杂交技术后，国际上最常用的基因定位方法之一L2J2。该技方法和进化分析方法。这两类