Pd面上CO电荷密度差.ppt

* 目的：介绍分子吸附在表面时，用 CASTEP 计算电荷密度差。 模块：Materials Visualizer，CASTEP前提： CO 吸附在 Pd(110) 表面 背景 本讲义将研究相对于孤立的CO 分子和没有被干扰的Pd(110)面而言，CO 分子的成键是如何影响电子分布的。电荷密度的变化可以用两种方法计算出来。第一个选择就是计算各个分子碎片的电荷密度。这个方法便于描述如何由较小的体系组成较大的体系。该方法描绘了在发生化学反应的时候和一个分子吸附到一个表面的时候，电荷密度是如何发生变化的。本例中， CO 分子吸附在Pd(110)面上，电荷密度的变化可以表示为： Δρ = ρCO@Pd(110) - (ρCO + ρPd(110)) 式中ρCO@Pd(110) 是CO + Pd(110)体系的总的电荷密度，ρCO 和ρPd(110)分别是吸附物和基底的未受干扰的电荷密度。 另一个方法就是根据原子来计算电荷密度： Δρ = ρCO@Pd(110) - Σ (ρi) 这里，下标i 遍及所有原子。这个方法显示了由于形成全部的化学键而导致的电子分布的变化。该方法便于描述体系的化学键是如何通过原子电荷密度的离域化来形成的。电荷密度的显示有助于理解化学吸附的过程。分子会选择在哪里吸附？分子为什么会选择在那里吸附？分子稳定吸附在那里的成键机理是什么？ You will focus on one adsorption site: the short bridge site you studied in the tutorial Adsorption of CO onto a Pd(110) surface. Pd(110)面上的CO 分子电荷密度变化 内容: 1. 建立CO在Pd表面的吸附 2. 定义碎片 3. 运算 4. 显示碎片的电荷密度差 1. 建立CO在Pd表面的吸附 本部分与前一个讲义“CO 分子在Pd(110)表面的吸附” 相关联，重复CO表面吸附模型的构建。(1)建立Pd晶体，结构优化；(2) 构建Pd(110)表面；(3)构建并优化 Co on Pd(110) 结构。 (1)．准备项目 在D或E盘中建立class 5文件夹。运行MS，在class 5中建立名为Pd_CO 的Project。 2 1 5 4 3 为便于管理项目，我们先在项目中准备三个子文件夹。在Project Explorer的根图标Pd_CO上右键单击，选择New / Folder。再重复此操作二次。在New Folder上右键单击，选择Rename，键入Pd bulk。在其它的文件上重复此操作过程，把它们依次更名为Pd(110)和(1x1) CO on Pd(110)。 (2) 建立Pd晶体，结构优化 Materials Studio所提供的结构库中包含有Pd的晶体结构。在Project Explorer中，右键单击Pd bulk文件夹并且选择Import....，从Structures / metals / pure-metals中导入Pd.msi。 1 2 3 4 5 6 7 显示出bulk Pd的结构，我们把显示方式改为Ball and Stick。在Pd 3D Model document中右键单击，选择Display Style，在Atoms标签中选择Ball and Stick，关闭对话框。 现在使用CASTEP来优化bulk Pd。为了减少计算量，将晶胞转换为原胞。 从工具栏中选择CASTEP ，再选择Calculation或菜单栏中选择Modules | CASTEP | Calculation。把Task从Energy改为Geometry Optimization，按下More...按钮，在 CASTEP Geometry Optimization对话框中选中Optimize Cell选项。设定本地机运行，按下Run键。 工作递交后，开始运行。结束后出现提示信息。选择File / Save Project保存项目，Window / Close all关闭工作窗口 。 在Project Explorer中打开位于Pd CASTEP GeomOpt文件夹中的Pd.xsd，显示的即为Pd优化后的原胞结构。由下面步骤恢复Pd优化后的晶胞结构。 在左侧的Properties