基于454GSFLX测序平台银杏转录组学研究.pdfVIP

基于454 GS FLX测序平台的银杏转录组学研究 林小涵，李滢，罗红梅，孙超，陈士林* （中国医学科学院药用植物研究所,北京 100193） 摘要:目的 应用第二代高通量测序平台 454 GS FLX 研究银杏叶的基因表达谱，挖掘 其功能基因。方法 使用 454 GS FLX 测序平台进行银杏转录组的测序，454 自带软件GS Assembler software v2.0.01.14 进行序列拼接。采用 BLAST 和 Gene Ontology(GO)信息进行功 能分类. 结果 测序获得 64057 条表达序列标签(express sequence tags, ESTs), 序列平均长度 412 bp. 所得序列与 21590 条 GenBank 数据库中的银杏 EST 序列合并拼接, 获得 22304 个独 立基因(unigene), 其中 13922个新的unigene 为本研究测序发现. 获得可能参与银杏萜内酯生 物合成的 26 个 unigenes (编码 14 个关键酶)