蛋白质结晶学的法发展与应用.pdfVIP

蛋白质晶体学的发展和应用 摘要: 从50年前英国科学家解析出第一个蛋白质晶体结构以来, 蛋 白质晶体学历经数个里程碑式的发展,已经成为一门成熟的高科技学 科, 是结构生物学的主要研究手段。近年来结构生物学发展迅速并和 其他学科相互渗透交叉, 特别是受到结构基因组学等热点学科的极 大带动。作为结构生物学的基本手段和技术, 蛋白质晶体学从解析简 单的蛋白质三维结构延伸到解决各类生物大分子及复合物结构, 并 更加注重研究结构与功能之间的相互关系, 派生出诸如基于结构的 药物设计等应用性很强的分支。生物技术及计算机技术的飞速发展, 尤其是高通量技术在生物学领域的应用, 为蛋白质晶体学带来了全 新的概念和更加广阔的前景。文章将主要介绍蛋白质晶体学技术的一 些历史发展以及应用。 1 引言 蛋白质晶体学（或称蛋白晶体学）是进行生物大分子结构研究的通 称，是结构生物学的一个重要组成部分。它利用x射线穿过晶体发生 的衍射现象与晶胞内原子的空间位置有密切的关系, 以数学物理方 法可从晶体的衍射象推引出分子的真实象。由于x光的波长很短(用于 结构分析的一般是1.54Å), 而蛋白质分子内大多数原子间的距离都 在1.5 Å入左右, 故这一技术成象的分辨率可以超过看清原子的水平, 而且是三维实体。 蛋白质是由α —氨基酸按一定顺序结合形成一条多肽链，再由一条或 一条以上的多肽链按照其特定方式结合而成的高分子化合物。蛋白质 是构成人体组织器官的支架和主要物质，在人体生命活动中，起着重 要作用。蛋白质有着复杂的空间结构。α —氨基酸按一定顺序结合形 成一条多肽链，构成蛋白质的一级结构。在一级结构的基础上，氨基 酸多肽链在进一步折叠形成一定的二级结构，如α 螺旋和β 折叠等。 在二级结构或者超二级结构甚至结构域的基础上，进一步盘绕，折叠， 依靠共价键的维系固定所形成的特定空间结构成为蛋白质的三级结 构。在体内有许多蛋白质含有2条或2条以上多肽链，才能全面地执行 功能。每一条多肽链都有其完整的三级结构，称为亚基（subunit）， 亚基与亚基之间呈特定的三维空间分布，并以非共价键相链接，这种 蛋白质分子中各亚基的空间排布及亚基接触部位的布局和相互作用， 称为蛋白质的四级结构。蛋白质的复杂结构是其功能多样性的前提和 基础。大部分蛋白质都要保持其空间结构的完整性，才能体现生物活 性并行使其特有的生物学功能。因此，研究蛋白质的空间结构对酶反 应机理或蛋白质- 蛋白质相互作用方面以及进行药物设计和优化都 有着极其重要的作用。 2 .蛋白质晶体学的发展 早在1953 年，在剑桥大学卡文迪许实验室学习和工作的佩如兹、坎 德鲁的博士研究生和博士后沃森（Watson ）和克里克（Crick ）利用 富兰克林（Franklin ）的X 射线衍射数据提供的晶体信息，结合结构 化学模型构建，提出了举世闻名的DNA双螺旋结构模型，这是利用X 射线晶体学技术解析生物大分子结构的又一个里程碑式的成果，为现 代分子生物学的确立奠定了结构基础。在上世纪30 年代，多萝思·霍 奇金和她的导师伯纳尔（Bernal）以及剑桥大学的佩如兹已经得到蛋 白质晶体的高分辨率X射线衍射数据，然而一直到二次世界大战后的 1957 年和1959 年，才由佩如兹和坎德鲁（John Kendrew）发展出新 的方法，分别解析得到肌红蛋白和血红蛋白的三维结构，第一次准确 测定出蛋白质这种生物大分子的三维结构。在随后的30 多年里，蛋 白质晶体学稳健发展，方法学趋于成熟，主要的仪器设备以及计算机 软件都已市场化，解析的蛋白质结构数目也逐年增长，这主要受到来 自三个方面的巨大推动，它们是：1) DNA 重组技术与蛋白质纯化以 及晶体筛选技术的发展；2) 同步辐射光源与高效、高速探测器的发 明；3) 计算机运行速度的大幅度提高及晶体学计算程序的快速发展。 现分别略述如下： 2.1 蛋白质表达、纯化和晶体筛选的发展 研究蛋白质的晶体结构，首先需要获得高纯度、高均一性的蛋白质样 品。在基因重组技术应用以前，蛋白质晶体学研究所需要的蛋白子主 要是从生物原材料中提取，工作量巨大，纯化周期长，效率低。同时， 大部分的蛋白质，尤其是具有生物催化活性的酶分子，很容易失去活 性。在复杂的纯化过程中，会有大量蛋白的损失。这就大大的增加了 从原始生物材料中提取蛋白质难度。利用DNA重组技术使得在大肠杆 菌或其他宿主细胞中大量表达、纯化所需要的目的蛋白成为可能。首 先将目的蛋白的基因出来，与带有标签的质粒构建成重组质粒，转入 宿主菌中（一般是